一、疾病种类明显增多且危害严重
据有关部门统计，我国近10年来新出现了30多种传染病，其中禽病13种，猪病7种，有的在国外出现不久的疾病如猪蓝耳病、猪圆环病毒感染、禽的J-亚群禽白血病、番鸭细小病病毒病、某些血清型的禽流感等，也相继在我国发现。由于饲养模式、环境条件不良和管理技术落后，也增加了许多新病，如猪和鸡的咬(啄)癖、应激综合征、鸡的腹水病和呼吸道综合征等。到目前为止，我国不少的养殖场、户，死淘率为养殖业发达国家的1-3倍，甚至更多，有不少猪场的死淘率在15%以上，蛋鸡及种鸡的全程死淘率在20%以上。
二、多病原混合感染显著增加
当前的许多畜禽疾病是由多种致病因子的共同作用造成的，它们导致的复合性疾病危害极为严重且难以控制其中病原体感染的有多种细菌相加，或多种病毒相加，或多种细菌和多种病毒相加，往往是几种不同病原体，有的为原发，有的继发或并发，而一些免疫抑制性疾病的存在，更使病情加重。如猪瘟与牛粘膜病，猪瘟与猪繁殖与呼吸综合征，圆环病毒病与猪瘟、猪繁殖与呼吸综合征、细小病毒病，猪喘气病与巴氏杆菌、猪传染性胸膜肺炎混合感染；新城疫与禽流感，新城疫与其它病毒及细菌混合感染等。
三、呼吸道综合征的问题日益突出
从近几年病、死猪的剖检中可以看出，90%以上猪的肺部有各种不同类型的病变，哺乳猪和育成猪尤为严重。它们的生长发育和增重明显受阻，治疗效果不好，可常年不断发病成批死亡，这种疾病已被国内外学者所公认，命名为猪呼吸道综合征(PRDC)。该病发生给许多病原体的侵入打开了门户，如猪伪狂犬病(PR)、非典型性猪瘟(CHS)、猪圆环病毒(PCV2)、尤其是猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)所带来的直接和间接危害极为严重。
禽的呼吸系统疾病有24种之多，国内外学者提出了呼吸道综合征的观点，这些呼吸系统疾病在我国的养禽业中普遍存在，危害十分严重。
猪、禽的呼吸道综合征普遍存在，已构成对猪、禽生产的严重威胁，对此应有足够的认识和防范。
四、影响繁殖的综合征普遍存在
猪的繁殖障碍综合征(SMEDI)在国内存在极为普遍，目前已证实与此综合征有关的病原体有30多种，而且还在不断增加。目前在我国造成此综合征的原因以猪繁殖与呼吸综合征、细小病毒感染、伪狂犬病、乙型脑炎、衣原体感染和繁殖障碍性猪瘟等所占比例较高。
产蛋禽类的繁殖障碍以产蛋下降，不出现产蛋高峰，产薄壳蛋、畸形蛋等为主要表现，引起禽产蛋下降综合征的主要疾病有低致病力禽流感、非典型性新城疫、减蛋综合征(EDS－76)、鸡传染性支气管炎等。
五、病毒病成为传染性疾病的主体
目前对病毒性疾病的治疗仍缺乏确切有效的药物，而且大多还未研制出相应可靠的疫苗用于免疫，所以对病毒病的防治手段显得无力，而近一二十年新增加的传染病又大多是病毒性疾病，这就使病毒病危害更为突出。如近几年发生的由圆环病毒Ⅱ型引起的断奶后仔猪衰弱综合征(PMWS)及一些相关病，在世界范围内迅速传播，危害巨大。近几年对我国一些鸡群调查，证实了有J-亚群禽白血病的存在，这又使我国鸡群增加了一种令人非常棘手且危害深远的病毒病。
六、免疫抑制性疫病危害深重
免疫抑制性疾病除了本身的直接危害之外，更为重要的是造成免疫抑制，可使低致病性的病原体引起多种疾病综合征发生，甚至达到难以控制的程度，还造成对疫苗接种反应增强、副作用加大，或使免疫失败和对治疗无应答。免疫抑制性病的危害对畜禽健康的威胁日益增加。当前最常发生并危害严重的猪免疫抑制性疾病是猪繁殖与呼吸综合征、伪狂犬病、猪流感和圆环病毒Ⅱ型感染等；禽主要是传染性法氏囊炎、鸡传染性贫血、马立克氏病、白血病、禽网状内皮增生病及禽呼肠孤病毒感染等。
七、非典型性疾病增多
这里说的增多包含两层意思。一是非典型性疾病的种类增多；一是非典型性疫病的病例的数量增多。如猪瘟、鸡新城疫、鸡白痢、大肠杆菌病、传染性囊病、鸡腹水综合症等都出现了非典型病例，而且流行非常广泛，发病率也很高，这往往给诊断与防治工作带来很大的难度。这是由于疫病在流行过程中，病原的毒力常发生变异，有些病原毒力出现减弱，加上免疫水平不高或不一致，导致某些疫病在流行、症状和病理等方面出现非典型变化，发生非典型感染和发病，使某些原有的旧病以新的面貌出现，如目前发生的非典型新城疫、温和型猪瘟即是一个明显的例证。另一方面，有些病原的毒力出现增强，虽然经过免疫接种，仍常出现免疫失败，如传染性法氏囊病病毒和马立克氏病病毒都有存在超强毒株的报道。对于控制超强毒株感染，除提高改进疫苗免疫质量外，应着重考虑减少病毒所造成的环境污染，加强卫生消毒措施，采用生产管理上的全进全出制等。
八、某些细菌性疾病和寄生虫病的危害加大
随着规模化养殖场的增多和规模不断扩大，环境污染越加严重，细菌性疫病和寄生虫病明显增多，如鸡的大肠杆菌病、沙门氏菌病、葡萄球菌病、绿脓杆菌病、支原体病、小鸭传染性浆膜炎、鸡球虫病和鸡住白细胞虫病等。其中不少病的病原广泛存在于养殖环境中，可通过多种途径传播，这些环境性病原微生物，已成为养殖场的常在菌和常发病。另外，某些损害免疫系统的疾病如传染性法氏囊病、鸡传染性贫血、园环病毒等未能有效控制，使猪禽的免疫功能及抵抗力下降，也很容易引起细菌性疾病的发生。更为主要的原因是盲目大量滥用抗菌药物，使养殖场一些常见的细菌产生强的耐药性，一旦发病后，诸多药物都难以奏效。一些条件性传染病已变为非条件性传染病，这种情况，近年来日趋普遍，危害日趋严重。如大肠杆菌病，病原是大肠埃希氏菌，长期以来，此菌一直被看作是寄居肠道内的正常菌，至多是一种条件性致菌。现在发现，它也是一种原发性致病菌，此病传染途径，传统观念认为是消化道，实际上不完全是这样，很多情况呼吸道也可感染，近年来又发现“脑型”大肠杆菌病例。因此，科学的饲养管理，环境卫生和合理用药对有效控制细菌性疾病是十分重要的。
