畜牧兽医卫生是指与从事动物饲养、经营和动物产品生产、经营以及饲料兽药生产、经营活动有关场所的环境状况，主要看其卫生是否符合国家规定的动物防疫条件和动物卫生质量要求，同时还包括畜牧兽医行业从业人员的身体健康状况等。从我国现行畜牧兽医卫生状况看，存在着不少问题。
一、畜牧兽医卫生方面存在的主要问题
1.当前畜牧兽医卫生状况极为恶劣，污染十分严重，极易造成疫情传播。尽管我国畜牧业在规模化、集约化程度上有了较大的提高，但大部分饲养场主抱有临时观念，在治污等基础设施建设上几乎没有任何投资，大部分畜禽粪污未经任何处理直接排入河流或地下。甚至一些养殖户将病死畜禽卖掉或者吃掉，不但极易造成疫情传播，还危害自身和他人的身体健康。
由于我国的畜禽屠宰和畜禽产品加工行业还不够发达，大部分小型畜禽屠宰场和畜禽产品加工厂的治污设施达不到要求，所产生的污水直接流入河流或地下，造成严重污染，还潜伏着重大动物疫病传播的危险。
另外，我国畜禽养殖场多集中在农村，大部分经营饲料兽药的库房和动物诊疗场所不符合饲料兽药贮存和动物诊疗要求，甚至一些动物诊疗场所大多没有污水、污物、病死动物无害化处理设施。即便经兽医卫生监督机构责令改正后，也只是稍加改造，过一段时间又恢复原样。
2.一部分畜牧兽医行业从业人员，不能提供医院出具的身体健康证明，也就不能排除其患有人畜共患病的可能，因而潜存着疫情发生传播的危险因素。特别是一些小型屠宰场和农贸市场上经营畜禽产品的人员，绝大多数不能提供医院出具的身体健康证明。因此，即使是经过检疫的、健康的畜禽产品，经过流通到达消费者手中，还有可能造成人畜共患病的发生传播。
3.市民认为现杀活禽新鲜、安全，愿意购买。事实上，农贸交易市场上现杀的活禽大都没有经过动物检疫部门的检疫，并不安全。而且，现场宰杀活禽，致使羽毛乱飞，污水横流，极易造成疫情的传播、蔓延。
4.改善畜牧兽医卫生状况的治污等基础设施建设滞后。畜禽屠宰场及加工厂，由于利益的驱动，根本就不会拿出资金来建设治污等基础设施；养殖者面对建设治污等设施所需的资金，只能望而却步。现在畜牧业还没有走向强大的工业之路，企业一味的降低生产成本，追求高额利润，很少重视畜牧兽医卫生状况的改善，甚至违反国家有关规定进行生产经营。
二、现存畜牧兽医卫生状况带来的不利影响
１.增加了高致病性禽流感等重大动物疫病防控工作的难度。从近几年来高致病性禽流感等重大动物疫情暴发、流行的情况看，多始发于饲养条件差、管理粗放、环境卫生恶劣的养殖场。卫生条件差还影响消毒、免疫、粪便污物无害化、封闭管理等防控措施的效果。
２.给突破畜禽产品国际贸易绿色壁垒带来巨大压力。众所周知，我国自70年代以来，已发生多起出口日本、东南亚和欧洲等国的禽产品，因有毒有害物质、药残超标被退货。
３.直接威胁着人类的身体健康。畜禽粪尿、产品加工污水任意排放极易造成水源污染，不但对我们自身健康造成危害，还给子孙后代的健康留下了很大隐患。
４.阻碍了环保型社会和社会主义新农村建设的步伐。
三、对策和建议
１.各级畜牧兽医行政管理部门要大力宣传《动物防疫法》等相关的法律法规，提高政府相关部门及从业人员对畜牧兽医卫生的认识。加强畜禽流通环节的监管监督。
２.政府相关部门要加重畜禽产品科学消费方式的宣传分量，改变市民现杀畜禽新鲜的错误消费观念。
３.畜牧兽医行政管理部门要加强对畜牧养殖小区的统一管理，切实提高畜禽饲养管理水平，有效预防疫病，为改善畜牧兽医卫生状况和生产健康无疫的畜禽奠定坚实的基础。
４.各级政府要尽快研究出台相应政策，逐步取缔小型手工定点屠宰场，建立大型机械化畜禽屠宰加工场。
５.坚持生产与治污并重，改革与开发同步，鼓励扶持养殖户兴建沼气池，处理畜禽粪便，切实提高养殖场畜牧兽医卫生状况。
６.加强畜牧兽医卫生监督。严格监督动物饲养、流通及动物产品生产、加工、仓储、经营等各环节是否遵守《动物防疫法》等相关法律的规定，并对不符合要求者要依法进行处理。同时，上级兽医卫生监督检验机构要加强对下级兽医卫生监督检验机构的监督管理，及时发现、制止、纠正、处理各级兽医卫生监督检验机构违章行为，以提高兽医卫生监督质量。
