5月13日，农业部发出紧急通知，成立由孙政才部长为指挥长的农业抗震救灾指挥部，启动救灾应急响应，集中力量指导开展农业抗震救灾工作。
通知要求各地尽快摸清情况，准确判断灾情走势；搞好市场监测预警，千方百计组织菜篮子产品和短缺农产品调运，确保灾区农产品供应不脱销不断档，切实稳定民心。此外，通知还要求灾区各级农业部门要随救灾工作的进程，及早谋划灾后重建各项准备工作，同时抓好当前农业生产，最大限度减少灾害对农业生产造成的损失。
农业部紧急通知表示，防止动物疫病爆发是农业抗震救灾工作的关键。为此须强化消毒、强化监测、强化无害化处理、强化灾后免疫、强化检疫监督。加强消毒剂等药剂的储备调运，通过发放挂图、明白纸等形式，指导群众对畜禽圈舍进行全面消毒，及时消灭病源；加大疫情监测报告和流行病学调查，及时排除疫情隐患；严格产地和屠宰检疫，防止病死畜禽流入市场，切实保障人民群众的身体健康；重点做好禽流感、口蹄疫、高致病性猪蓝耳病和猪瘟等疫病的强制免疫工作，从源头防治重大疫病发生。同时切实加强动物病源微生物菌（毒）种保藏和病料的实验室管理。
农业部通知还表示，一旦灾区发生重大动物疫情，要按照相关法律法规，果断处置，不留死角，努力争取控制在最小范围。
同日，农业部决定派出以国家首席兽医师贾幼陵为组长的专家工作组，赴四川指导重大动物疫病防控工作。
