消毒在现实生产过程中常常被用到，应用合理可以有效的减少病原菌毒的存在，净化环境，减少疾病的发生，提高经济效益。但很多养殖户往往过于依赖于消毒，无论何种状况下首先想到的是消毒，殊不知合理的消毒有作用不合理的消毒反而有副作用。济南维康畜禽病防治研究所多年来总结实际情况得出以下结论：
1、养鸡户喜欢用廉价的生石灰作消毒剂，直接撒在蛋鸡舍地面上，这是不科学的。因为生石灰撒在干燥的鸡舍地面上，会刺激鸡的上呼吸道，引起呼吸道疾病，如被鸡踩踏，还会腐蚀脚趾使其受伤，更为严重的是，蛋鸡常因高产而缺钙，见到石灰会大量啄食，生石灰在鸡的肠胃里与水反应，产生强碱物质，并放出大量热，损伤消化道组织，引起发炎、水肿或溃疡，甚至会引起嗉囊及肌胃穿孔，导致鸡只死亡。总之，用生石灰干撒消毒蛋鸡舍害处多，如若用，可加水配成10％～20％的石灰乳喷洒地面消毒。
2、严禁使用消毒液直接供鸡引用。消毒液六亲不认，一旦进入鸡的消化系统，几乎所有细菌无论有害还是有益菌统统杀灭，往往造成消化不良，引起一系列问题。
3、不要使用消毒液带鸡喷雾消毒，净化鸡舍空气，喷清水和喷消毒剂效果是相当的。另外消毒剂一旦进入鸡的呼吸系统极易造成对粘膜的刺激作用，导致疾病的发生。
4、饮水消毒需要静置3小时以上方可供鸡饮用。
5、多种消毒剂需要交替使用，以提高消毒效果。
6、水线、供水设施需要定期消毒。
