断奶仔猪营养性腹泻的病因非常复杂，综合大量的研究表明，营养性腹泻的主要因素有：维生素的缺乏、矿物元素的缺乏、饲料中粗蛋白含量过高、电解质的不平衡等。
1 维生素的缺乏
维生素是猪的重要营养成分之一，它不仅可作为猪体内许多酶的辅酶，参与生命活动，而且可以直接或间接影响猪生长、器官和组织的发育。维生素缺乏可引起一系列缺乏症，其中能引起仔猪腹泻的主要有：维生素B1、维生素B2、维生素PP和泛酸的缺乏。维生素B1作为α-酮酸氧化脱氢酶系的辅酶可参与糖代谢，其缺乏可出现糖代谢障碍，导致代谢中间产物(丙酮酸、乳酸等)的堆积，进而影响能量供应。仔猪临床表现为：呕吐、腹泻、生长停滞。维生素B2则作为生物体内的辅酶参与氧化，缺乏时，仔猪表现为：呕吐、肛门粘膜炎症并伴有腹泻等。可促进铁吸收和红细胞生成的维生素PP的缺乏，可引起蛋白质、脂肪和糖类的代谢障碍，导致慢性消化不良，甚至造成弥漫性肠炎而发生腹泻。泛酸则是仔猪体内辅酶A的组成成分，在维持消化道正常功能和提高抗病力方面起重要作用，缺乏时同样表现为腹泻。
2 矿物元素缺乏
与仔猪腹泻有直接关系的矿物元素主要有：铁、锌和硒。铁作为仔猪体内必须的矿物质元素，缺乏可引起仔猪缺铁性贫血，导致仔猪抗病力降低，易感染致病菌，发生腹泻甚至死亡。锌则通过参与酶的合成，促进核酸和蛋白质的合成，加速激素的合成和释放，维持上皮组织的正常生理功能，增强机体免疫和抗氧化功能。缺锌可使胃肠粘膜发炎，胃肠运动、分泌机能失调，并使含锌消化酶的活性下降，引起消化吸收率下降，使食糜在胃肠道内蓄积，引起仔猪腹泻。而硒作为GSH-PX(谷胱甘肽过氧化酶)的组成成分，参与阻止过氧化物的积累，保护细胞膜免受过氧化酶的损害。缺硒时，GSH-PX活性下降，胃肠平滑肌细胞脂质膜会因过氧化发生质性病变，从而引起仔猪消化紊乱，并伴有顽固性腹泻。
3 饲料中粗蛋白的含量过高
断奶仔猪消化道及其酶系统发育尚未健全，导致日粮中蛋白质的消化率低下和必需氨基酸的比例不平衡。特别是在饲粮粗蛋白水平较高的情况下，较多的饲粮蛋白质进入大肠发生腐败分解，产生多量的尸胺、腐胺等毒性胺类物质，继而对肠壁组织造成损害，使肠道的蠕动加快和分泌增加，结肠对水分的吸收能力减弱，同时还使小肠绒毛水肿，最终引起消化不良性腹泻。而且研究还表明，日粮蛋白质本身并非唯一起作用的因素，还存在着某些蛋白质的致变态的反应。一些专家学者指出，仔猪肠道对日粮抗原过敏从而导致肠道损伤是断奶后腹泻的主要原因。仔猪断奶后的过敏性腹泻与饲粮蛋白质种类有关，其中植物性蛋白是引起仔猪肠道发生过敏反应的重要抗原物。
4 电解质不平衡
电解质平衡在仔猪渗透压、酸碱平衡、水盐代谢方面起重要作用，其与仔猪消化不良、腹泻等有密切关系。饲粮中的电解质平衡可直接影响仔猪体内和消化道内的电解质平衡，因此饲料中的电解质不平衡极易造成仔猪体内和消化道内电解质的不平衡，最终导致仔猪腹泻。
5 日粮的PH值过高
断奶仔猪本身就因胃底腺不发达，胃与神经系统之间的联系尚未完全建立，胃腺功能差，导致胃内PH值较高，如果日粮中PH值过高更会导致胃内酸度下降，为病原菌提供适宜的生存环境，进而大量繁殖，引起肠壁发炎、水肿，消化吸收能力降低，大量水分和营养物质被排出肠腔，从而引起仔猪腹泻、脱水、甚至死亡。
6 有毒物质和抗营养物
饲料氧化酸败、发霉变质，过期失效，微量元素超标，含有毒物质(如棉酚、芥酸、单宁等)等都有可能引发仔猪腹泻。而且，饲喂过多的轻泻性原料仔猪也会发生腹泻。
