病原性腹泻包括霉菌毒素导致的腹泻、细菌性腹泻、病毒性腹泻及细菌与病毒混合性或并发性腹泻、寄生虫引发的腹泻。
一、霉菌毒素腹泻
主要是由于饲料霉变或腐败，使得霉菌生长繁殖，产生大量毒素破坏器官的正常功能，导致生长受阻，饲料转化率降低，产蛋率下降，机体抗病能力下降增加了机体对病原微生物的易感性。
二、细菌性、病毒性及混合感染或并发感染引起的腹泻
细菌性、病毒性及混合感染或并发感染引起的肠道疾病很多，常见的有大肠杆菌、沙门氏菌、葡萄球菌、链球菌等与新城疫、温和型流感、传染性发氏囊等混合感染的病例较多。现阶段养殖环境使得病原微生物混合感染、并发感染及继发感染愈来越多。病原微生物耐药性的出现，也增加了治疗的难度。由此引发的疾病也有增长的趋势，导致肠道环境被破坏，饲料利用率降低，增加了饲养成本。
三、寄生虫
寄生的部位不同，引起的症状也有一定的差异。常见的寄生虫有球虫，寄生在鸡的肠道上皮上，感染的肠壁给病原微生物提供了一个入侵的机会；白细胞虫通过血液循环进入各个脏器，完成本身的繁殖，引起内脏出血，肠道失血，导致肠道炎症；毛滴虫病是寄生在上消化道的一种原虫病，口腔内有伪膜，肝脏表面有凹陷的车轮状坏死灶，盲肠内有腊肠样栓塞物，本病因环境条件差易诱发。绦虫以机械刺激、阻塞肠腔、代谢产物的毒素作用，夺取大量营养物为基础，导致肠炎。
