一、提高防治效果的方法
实施轮换、穿梭、联合用药 低浓度长时间使用一种药物，容易产生耐药性虫株。因此，根据药物的各自特点,采用轮换、穿梭、联合用药方案来提高对球虫病的防治效果是当前最常用的方法。轮换用药即第一批鸡使用一种抗球虫药，第二批鸡使用另一种化学结构不同的抗球虫药。有研究表明化学结构相似或作用机理相同的抗球虫药存在交叉抗药性，所以在轮换用药中应尽量避免使用作用方式相似的抗球虫药。
穿梭给药是根据球虫病高发阶段用高效球虫药，低发阶段用低效球虫药的原则，对鸡不同生长阶段使用不同的抗球虫药，以保证给药方案合理有效。联合用药是解决耐药性形成的另一有效策略，是将两种或多种抗球虫药按最佳比例配合使用，既可提高疗效，又可降低单一药物的使用浓度，在一定程度上延缓了球虫耐药性产生的速度，保持了其对抗球虫药的敏感性。但在选择和使用药物时，一般作用峰期在感染后第1至2天的药物，其抗球虫作用较弱，多用作预防和早期治疗。而作用峰期在感染后第3、4天的药物，其抗球虫作用较强，多作为治疗应用。在穿梭和轮换用药时，一般先使用作用于第一代裂殖体的药物，再换用作用于第二代裂殖体的药物，这样不仅可减少或避免耐药性的产生，而且可提高药物的防治效果。许多试验证明，球虫刺激机体产生免疫力的阶段主要是第一代裂殖体。所以，抗球虫药因抑制球虫发育阶段的不同，直接影响鸡对球虫产生免疫力。作用于第一代裂殖体的药物，可影响鸡产生免疫力，故多用于肉鸡，蛋鸡和肉用种鸡一般不用或不宜长时间应用，作用于第二代裂殖体的药物，不影响鸡产生免疫力，故可用于蛋鸡和肉用种鸡。
甜菜碱与聚醚类抗鸡球虫药联用 甜菜碱与聚醚类抗球虫药有协同增效作用，Matthews等（1995）发现患球虫病肉仔鸡增重速度和饲料利用率下降，日粮中添加0.1%甜菜碱＋55毫克/公斤莫能菌素的仔鸡，比只喂55毫克/公斤莫能菌素的仔鸡，具有更高的饲料利用率。Augustine等用含三种球虫卵囊的混合物接种肉鸡，日粮中添加0.15%甜菜碱和66毫克/公斤盐霉素喂鸡，增重均高于加盐霉素鸡和对照鸡，死亡率明显降低。甜菜碱加盐霉素的联合作用被认为是提高感染球虫鸡生产性能的促进剂。Mooney等在雏鸡育雏期应激下受到球虫攻击后喂给甜菜碱，0～21日龄鸡的饲养效率显著改善，14～21日龄球虫攻击组鸡的体重显著增加。丁熙成等研究也认为甜菜碱的抗球虫作用明显，既缓解了雏鸡感染艾美耳球虫造成的电解质紊乱，又对巨型艾美耳球虫袭殖体繁殖有明显的抑制作用，达到了标本兼治的目的。彭新宇等测定发现柔嫩艾美耳球虫野外抗药株深圳株对马杜霉素、盐霉素和拉沙里菌素均表现出明显的抗药性，甜菜碱可提高聚醚类抗生素对鸡的作用效果。聂奎等试验表明，甜菜碱与球安（含25％沙拉里菌素）或加福（含1％马杜拉霉素）合用，较球安和加福单用的OPG(粪便卵囊数)值和病变值明显降低，而增重和抗球虫指数有所提高；鸡球素（含1％海南霉素钠）、球痢灵抗柔嫩艾美耳球虫的作用较差，但与甜菜碱配伍使用后，鸡盲肠病变值降低，平均体增重增加，显示甜菜碱在一定程度上能提高鸡球素和球痢灵抗柔嫩艾美耳球虫的疗效作用；甜菜碱与鸡球素的最佳配伍剂量为每千克350/600毫克，与球痢灵的最佳配伍剂量为每千克650/125毫克。
实施药物与免疫接种联合应用 单独使用作用于球虫生活史早期的离子载体类抗球虫药，会严重抑制鸡对球虫的免疫力。因为离子载体类抗球虫药作用于球虫早期的子孢子和第一代裂殖子并具有杀灭作用，鸡体内很少存在能诱发产生抗球虫免疫力的第二代裂殖体或裂殖子，因此不能刺激鸡体产生保护性免疫抗体。目前可利用的一些疫苗如Coccivoc和Paracox含有多年前分离出来的且原本对药物敏感的艾美尔属球虫株，如果使用这一种疫苗，药物敏感性疫苗就会替代鸡舍中已存在的抗药性药物，这样再采用药物治疗，药物的效力就会提高。
二、免疫预防
使用疫苗防治球虫病，可解决抗药性问题，恢复球虫对已产生抗药性药物敏感性，减少药物残留，并可提高肉鸡的生产性能；对于蛋鸡和种鸡，经球虫免疫后不但能使体重和产蛋达标，还可提高鸡群均匀度，既降低成本又提高了产蛋率，顺应了绿色食品的潮流。
目前，世界上已注册的球虫苗有四种：美国的中熟系强毒活苗Coccivac、加拿大的中熟系强毒活苗Immucox、英国的早熟系弱毒活苗Pameox和捷克的早熟系强毒活苗Livacox。其中Immueox疫苗包含堆型艾美耳球虫、巨型艾美耳球虫、毒害艾美耳球虫、脆弱艾美耳球虫，主要应用于肉鸡和仔鸡。Coccivac-B疫苗包含堆型、巨型、变位、脆弱艾美耳球虫株，主要应用于重型肉鸡和仔鸡。Coccivac-D疫苗包含8种虫株，即堆型、哈氏、布氏、巨型、变位、早熟、毒害、脆弱艾美耳虫株，主要应用于种鸡和商品蛋鸡。Paracox疫苗是一种全价苗，包含7个虫株，并且其中E.maxima有两个株，主要用于种鸡。Livacox疫苗是一种3价苗，包含了堆型艾美耳球虫、巨型艾美耳球虫、脆弱艾美耳球虫，每种一个株，主要应用于肉鸡。
为保证疫苗的使用效果，在生产中选用球虫疫苗时，首先要考虑各种球虫之间有没有交叉免疫保护，如果有应使用多价疫苗，以获得全面的保护；其次是应尽量采用致弱虫株，特别是早熟致弱株，既可诱导出强大的免疫保护，又可减轻疫苗本身对机体造成的损害；第三是轮换使用球虫苗，一般以球虫苗在同一鸡舍或鸡场2～3批肉鸡连续使用后，按传统的方法用抗球虫药预防2～3批鸡，再换用球虫苗免疫2～3批鸡，依此类推；第四是球虫疫苗不能用于紧急接种，且接种前后饲料中不得添加抗球虫药，不得使用影响免疫的药物如地塞米松等以及影响球虫发育的药物如磺胺类、呋喃类及四环素等药物。
使用药物仍然是目前防治鸡球虫病的主要手段。但如何从药物防治、疫苗免疫、日粮调控、环境控制等方面寻找综合防治措施，提高防治效果是今后工作的重点。
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