一、蓝耳病毒抗体不是衡量机体免疫保护的指标
根据经验，已经接种过疫苗的动物在受到野毒侵袭时，会出现一个较高水平的血清抗体，这主要是由于野毒入侵以及先前畜群疫苗接种带来的免疫记忆反应。
在蓝耳病的免疫中，人们先前也是认为，蓝耳病病毒进入机体后会引起感染，引起循环抗体以及记忆性的T 淋巴细胞和B 淋巴细胞的增加，而且认为这些抗体和淋巴细胞可以阻止感染的进一步发生。
但后来发现这些想法大部分都是错误的。如果这些想法是错误的，那么现行的检测蓝耳病毒抗体方法的意义又必须重新评价，这些抗体只能是衡量感染的指标，这些抗体对蓝耳病的病因追索和在研究、评价疾病控制方案中会起着重要的作用，但却不是衡量机体免疫保护的指标。
到目前为止，尚没有用来分析和预测机体受保护的免疫学方法，至于中和抗体有无中和作用仍有争论。
二、蓝耳病存在同源免疫和异源免疫
蓝耳病存在两种基本的基因型(欧洲型和美洲型) ，所以就存在同源免疫( Homologous immunity)和异源免疫(Heterologous immunity )的概念。
由于疫苗、或野毒、或诊断试剂盒都是基于一个或少数遗传差异的病毒，对一个病毒能够产生免疫，却不一定会对另外的病毒产生免疫，或诊断反应也不具备通用性。
然而，在蓝耳病病毒中，两个基因型间却具有较宽的交叉免疫反应。虽然国内外在蓝耳病的同源免疫和异源免疫方面做了很多实验，但实验结果却差异很大。总之，分子遗传学分析表明，蓝耳病病毒的保守氨基酸序列存在于所有的蓝耳病蛋白质中，这是交叉免疫反应的物质基础所在。
三、接种蓝耳病弱毒苗和灭活苗的争论
毋庸质疑，灭活苗的安全性是大高于弱毒苗，而且不存在散毒的危险，然而再好的灭活苗的效果也是不能和弱毒苗相比较的，否则弱毒苗就根本没有存在的必要了。在蓝耳病的灭活苗使用中，如果没有合适的高效的免疫佐剂，要想得到好的免疫效果，目前在国内来看，也只能是纸上谈兵。但有些学者认为，蓝耳病弱毒疫苗免疫后会对母猪的繁殖性能和公猪的精子活力造成影响，所以弱毒苗的安全性和效力不可靠，不主张接种弱毒疫苗。
实际上，任何疫苗的使用都会象药物一样不可避免地产生一定的副作用，灭活苗也是一样(因为其中含有的佐剂会存在一定的副作用，比如国内使用的口蹄疫疫苗等)。当然，如果一个农场的生物安全工作能够做到完美无缺，则任何疫苗都不必使用，否则就必须使用有免疫效果的疫苗(无论是活苗还是死苗)，不过这种短期内造成的损失应该是在可以容忍的范围之内。
四、弱毒苗及野毒产生的抗体作用
研究表明，蓝耳病病毒的弱毒苗(或活苗)在减轻临床病症的严重性方面，病毒血症的持续时间上，以及病毒扩散和蓝耳病病毒感染的频率上是非常有效的，自然产生的中和抗体(而不是前文所说，注射的中和抗体)在抵抗二次感染和保护或减少病毒在动物中的传播也起到重要作用，因为这些中和抗体和其它因子共同作用是可以在循环系统中清理病毒的。
五、蓝耳疫苗的免疫程序
理论上一般都认为，在母源抗体高时接种疫苗，母源抗体会“中和”掉一部分疫苗，仔猪就不能产生坚强的免疫力，所以在实践中，人们要等到母源抗体下降到一定程度时才给猪只接种疫苗，殊不知，仔猪此时却出现了免疫的空白期(或者叫窗口期)，病原体则乘虚而入。
而人们在对仔猪实行乳前免疫时也发现，母源抗体高时仔猪很容易出现过敏反应，这也从另外一个侧面说明了母源抗体实际上是促进了仔猪机体免疫反应的发生，而不是象很多人认为的那样母源抗体会“中和”掉疫苗，况且疫苗接种后的效果并不能完全靠抗体水平的高低来衡量，抗体水平没有出现大的升高并不能说明该疫苗或该疫苗的接种程序有问题，因为机体本身的免疫背景是决定抗体水平高低的重要因素。
在蓝耳病的疫苗接种中，我们再也不能模拟猪瘟的那种接种模式(即所谓“乳前免疫”或“ 断奶时免疫”或“断奶后免疫”)， 具体机理，这里不在赘述。
