有效疫苗选择主要关注以下几个方面，包括疫苗毒株、抗原含量、类型、毒力强弱、生产厂家、疫苗的安全性、疫苗的稳定性、佐剂、黏度、甲醛含量等。下面主要从疫苗毒株、疫苗安全性、疫苗稳定性来说。
一、毒株对型
选择疫苗时，第一步要选择该疫苗所含毒株，只有毒株对型了才能产生保护力，起到良好的保护效果。
鸡群免疫后产生的抗体水平在保护值范围以上，或疫苗毒株优先占领疾病所侵害的靶器官，才能够对疾病产生坚强保护力。许多病原有多种血清型或基因型，相互之间的保护率不一致，甚至差异很大，所以，必须选择与病原相同血清型的疫苗免疫，才能产生良好的保护效果。
常用的疫苗毒株有，IB（H120、MA5、M41、28／86、4／91、 Mass、Conn）、ND（Lasota、Clone30、VH）、AI（H5N1-Re5、H5N1-Re4、H9N2（SS）H9N2（HL））、IBD（CA、CF、B87、M65、MB）等，标准毒株或常用毒株的选择不是一成不变的，要根据免疫程序、当地疾病流行状况、本场疾病流行状况、鸡群品种、易感日龄等选择合适的疫苗。标准毒株的使用，对我们预防疾病起到很好的作用。
只有选择毒株对型的疫苗，才能产生很好的保护，才能防控疾病。毒株不对型，免疫得再多也不能使鸡群产生均匀有效的抗体，不能抵御疾病的攻击，最终还会发病。所以做好基础免疫，关注疾病流行状态，及时选择对型的疫苗，才能使鸡群发挥良好的生产性能。
二、疫苗安全性
疫苗的安全性，比如疫苗灭活是否彻底、SPF鸡胚的使用、疫苗抗原含量、佐剂的选择、疫苗纯度、疫苗制作工艺及生产环境等都影响疫苗的安全性。
使用不安全的疫苗，不仅不能预防疾病，还容易诱发疾病或引起其他疾病。如，内毒素的存在，免疫后引起免疫应激甚至致死。活疫苗中含有其他成分，如MD、POX疫苗被REV等污染，鸡群免疫后发生肿瘤。使用甲醛含量过高的疫苗免疫后，鸡群产蛋性能下降，检测血清中E2水平较未免疫鸡只相差20~50皮克/毫升 ，分析认为甲醛含量过高造成雌激素分泌下降致使产蛋下降。
三、疫苗稳定性
灭活疫苗在正常保存过程中是否会发生分层，黏度、ph值、理化性质会不会发生变化，活苗真空性等等。
四、疫苗免疫后的效果
疫苗免疫后免疫应激情况、抗体及抗体维持情况、免疫保护情况等也是关注的方面。
另外，在实际生产中还要综合考虑疫苗的成本、疫苗生产厂家等。只有选择有效的疫苗，经过正确的操作，才能使鸡群产生均匀有效的抗体，使其变成不易感动物，能抵御疾病的感染。
