外源性饲料酶能够有效地提高饲料原料中营养素和能量的消化利用率，因而可以降低饲料成本，减少对环境的影响。例如，植酸酶可以有效提高诸如玉米和豆粕等含植酸盐原料中磷的生物学利用率。而糖酶，如木聚糖酶和β-葡聚糖酶，可有效的提高饲料中能量的利用率。
配置全价料必须关注有足够的与酶相作用的原料底物，例如，植酸酶只有在原料中含有足够的植酸盐结合的磷条件下，才能发挥最佳的作用。植酸酶与玉米-豆粕型日粮作用所释放的有效磷高于小麦-豆粕-肉骨粉型日粮所释放的有效磷。如不考虑饲料中植酸酶的含量，而仅靠植酸酶来增加有效磷的释放，就可能导致磷缺乏，从而影响产蛋率，产生痛风和骨软化症等问题。同样，不考虑木聚糖酶和β-葡聚糖酶作用底物存在的话，就可能导致能量摄入不足，出现发育迟缓、蛋重变小和产蛋减少。
