在处理种蛋之前，将手洗净并彻底干燥是一个很好的习惯，这样可以防止病菌传播。为了控制疾病，保证鸡群健康，最好从一个来源定购种蛋。如果你从当地定购种蛋，但是在一天之内不能得到你需要的数目，那么在种蛋移入孵化器之前，可以先保存7天。较长期的储存时间也是可以的，但是需要进一步采取措施以保持种蛋活性。
种蛋应该每天收集2次，在最初3天内储存在21℃室温下。如果你需要更多的时间去收集你所需要的种蛋，那么将3天到7天的种蛋保存在15.6℃的房间内。轻轻地擦洗种蛋是非常重要的，但是要注意不要擦掉种蛋上的天然保护膜。如果鸡蛋储存时间超过3天，那么每天转动它们一次。通过邮寄定购的种蛋到达后应尽快处理。
在孵化器内，为了防止胚胎黏附于蛋壳上，必须进行翻蛋。如果你的孵化器没有安装自动翻蛋装置，那么可以在种蛋的一边标上X，而另一边标上O，当种蛋翻转时，所有的种蛋标记X或O的一面则同时向上。
