严格执行消毒制度，杜绝一切传染来源，是确保鸡群健康的一项十分重要的措施。
鸡舍的消毒步骤：第一步先进行机械清扫，第二步用化学消毒液消毒，第三步于进鸡前5-7天进行熏蒸消毒，第四步进鸡前1天用无味消毒液消毒。
在尚未发生疫病时的鸡舍预防性消毒一般每月1次。发生疫病时，鸡舍要进行临时消毒和终末消毒，一般每周2次，且浓度要稍大。
常用的消毒药种类有：
1、复合酚类：菌毒敌、农家福、菌毒灭、来苏儿等，对病原微生物有较好的杀灭作用，使用方便。但对皮肤、粘膜有一定腐蚀性。
2、醛类：戊二醛、环氧乙烷、甲醛等属高效消毒剂，其气体或液体均有强大杀灭微生物的作用。但对皮肤、粘膜有较强刺激作用。
3、含碘化合物：金典威等，生产成本高，且碘有升华特性，放置时间较长时有效碘含量降低，直接影响消毒效果。
4、季胺盐类：消毒-99、百毒杀等，对细菌繁殖体和亲脂性病毒有较好杀灭作用。但对细菌芽孢和亲水性病毒不能杀灭。
5、含氯制剂：84消毒液、菌毒净、优氯净等。可杀灭所有类型微生物，可用于饮水消毒。缺点是易受有机物及酸碱度影响，能漂白、腐蚀物品。
6、过氧化类：过氧乙酸等，消毒效果较好，价格便宜，但有一定腐蚀性。
因此，在选用消毒剂时，要多种轮换、交叉使用。
消毒与应激的矛盾。消毒对鸡群是一个应激，要知道消毒工作需保持长期性，不可心血来潮搞突然袭击。保证消毒工作的长期性和稳定性，就应从日常入手，从育雏开始养成习惯。
