鸭副伤寒常在孵出后数天内没有明显症状而大批死亡。雏鸭发病后，食欲消失，渴欲增加，下痢，稀粪呈绿色或黄色水样;精神委顿，怕冷，两翼下垂;肛门周围有粪便沾污;患眼结膜炎，眼半开半闭;鼻流出浆液性或黏性分泌物。患鸭缩颈、颤抖、步态不稳，进而突然倒地、痉挛抽搐、头向后仰，持续2～3分钟后死亡。
剖检显示病变肝脏肿大，边缘钝圆，呈红色或古铜色;肝实质常有灰白色或灰黄色的小坏死灶 (小结节);胆囊肿胀充满胆汁。肠黏膜充血出血，;盲肠内有干酪样物质形成的栓子;肾脏肿大，色泽苍白，呈花斑样;肝脏肿大，成暗红色;气囊膜混浊不透明，常附着黄色纤维素性渗出物。慢性病例常见心脏有坏死小结节，肺出现局灶性炎症。带菌母鸭可见卵巢及输卵管变形和发炎，有时可发现腹膜炎。
