临床上，治疗鸡大肠杆菌病的药物种类繁多，但必须具备以下条件，才能有较好的效果：
第一，对大肠杆菌敏感，能够有效杀灭多种血清型大肠杆菌；
第二，药物不被肠壁吸收，能杀灭肠道内大肠杆菌；
第三，药物能在器官组织中广泛分布，杀灭在血液、心脏、肝脏和气囊中的大肠杆菌；
第四，能够防止肠黏膜脱落或修复肠黏膜，清除肠道内的毒素；减轻呼吸道及消化道的症状，改善厌氧环境，调整菌群平衡。
目前，市场上应用较好的是富含磷霉素钙及氟苯尼考成分的药物，其主要应对于大肠杆菌引起的全身感染型鸡大肠杆菌病变及其输卵管炎、腹膜炎，1个疗程3～5天，在全国各地疗效显著，不易产生耐药性，一批鸡可用1次以上(在辽宁的凤城、本溪、辽阳、辽中、鞍山、锦州，安徽的宣城，河南信阳，山东济宁，江苏淮安，河北沧州均作过试验)，广谱高效。另外，鸡大肠杆菌病与支原体感染为姊妹病，必要时可配合泰乐菌素或替米考星辅助治疗，尤其是演变成引起气囊炎时，建议在磷霉素饮水的同时，辅以泰乐菌素喷雾。长时间、大剂量使用抗生素，配以复合维生素B饮水，从而避免因药物使用造成的维生素B缺乏。
