作为当前炙手可热的研究课题，大有成为育种方法主流之势，分子育种距离生产有多远？
分子育种(基因研究)是目前动物遗传育种的研究热点，并且大有成为育种方法主流的趋势，因为基因是可遗传的，只要找到决定动物某种性状的基因，就可以按照人类的需要选育品种，大大缩短育种年限，并且性状遗传稳定。目前分子生物学在养猪育种中的最突出的问题是什么？东北农业大学著名分子生物学专家李辉用精辟的一句话概括为：经济性状主效基因的筛选和利用。对于养猪业来说，经济性状就是产仔数、瘦肉率、生长速度、饲料转化率等等，分子生物学育种的主要目的便是找到决定这些经济性状的主效基因，然后用于生产。
困惑
但是，人类对基因的探索还只是刚刚起步，距离清晰解读这些生命的密码还有很远的距离。
1、研究费用昂贵
据中国农业科学院畜牧研究所杜立新研究员介绍，养猪业中唯一能够确定并应用于生产的主效基因就是氟烷基因，该基因是决定猪种应激性的主效基因，通过监测该基因就能够了解猪只是否耐应激。养猪生产中其他经济性状，如产仔数、脂肪沉积、抗病能力等等都处于研究阶段，国内外相关报道很多，但是非常明确的主效基因还没有找到。
江西农业大学的黄路生教授为研究猪经济性状主效基因，建立了一个1000头基础母猪的生产群体，利用祖代、父母代和商品代三代选育将主效基因定位在一个比较精确的控制范围，主要研究对象为决定肌肉生长与脂肪沉积的主效基因。
中国畜牧研究所生物工程研究室李奎研究员主要致力于找到主效基因的方法研究，他们选择的方法是sage，不同于基因芯片，能够发现决定该经济性状的新基因。华中农业大学的赵书红教授则利用基因芯片手段来研究主效基因的位置，基因芯片的优点是定位比较准确。
但不管是基因芯片还是sage，研究费用都非常昂贵，因此，测定数量就受到了不同程度的限制。
2、关于分子育种的争论从未停止
