由于中药的成分复杂，化学结构难以定性，因此，在中西医结合治疗中还存在中西药物配伍禁忌的问题。常见的中西药配伍禁忌主要可分为如下几类。
降低疗效或增加毒副作用
中药四季青、黄药子对肝脏有损害作用，如配伍四环素，除降低前二者的疗效外，还可增加它们的毒性;石榴皮、地榆、诃子、五味子与红霉素联用，易发生药物中毒性肝炎；中药川乌、草乌、附子以及含有这类药物和生物碱的中成药，如小活络丹、三七片、元胡止痛片、黄连素等与氨基糖苷类药物合用，可增强对听神经的毒性。
复方丹参注射液与抗癌药物配伍，如环磷酰胺、氟尿嘧啶、阿糖胞苷、丝裂霉素等，配伍应用后对肿瘤细胞不仅无抑制作用，反而会促进恶性肿瘤的转移；阿托品具有解除迷走神经对心脏的抑制作用而使心率加速，与丹参及其制剂配伍后，丹参所具有的降低血压功效，可被阿托品所阻断，从而使丹参的药效降低。丹参中所含的活性成分丹参酮能拮抗雄性激素的作用，若与甲基睾丸素、丙酸睾丸素等雄性激素配伍，可以降低雄性激素的活性，影响其疗效。
含乙醇的中成药如国公酒、藿香正气水、风湿止痛药酒、人参酒等与苯巴比妥、苯妥英钠、安乃近及降血糖西药合用，则因乙醇的药酶诱导作用，增加对肝药酶的活性，使上述西药在体内的代谢加快、半衰期缩短，以致显著降低疗效。
含蛋白质及其水解产物的中成药，如珍珠丸、清热解毒丸、牛黄解毒丸等，不宜与黄连素同服，因所含蛋白质等成分可拮抗黄连素的抗菌作用。血余炭、艾叶炭、煅瓦楞能吸附多种抗生素，减少其在胃肠道内的有效浓度。茵陈可拮抗氯霉素的抗感染能力。
含牛黄的中成药，如牛黄解毒丸、安宫牛黄丸等，不宜与水合氯醛、吗啡、苯巴比妥等西药联用，因为牛黄能增加水合氯醛、吗啡、苯巴比妥的中枢神经抑制作用，可能出现急性中毒，如昏睡、呼吸中枢抑制、低血压等。
麻仁石甘片、止咳定喘膏、防风通圣丸、哮喘冲剂、通宣理肺丸等含有麻黄的中成药与降血压药同服，可因麻黄中的有效成分麻黄素的收缩动脉血管作用而致血压升高，会抵消降压药的疗效，甚至会升高血压；也不宜与单胺氧化酶抑制剂痢特灵、优降宁、苯乙肼、甲基苄肼、异烟肼等合用，因单胺氧化酶抑制剂，可抑制单胺氧化酶的活性，使肾上腺素神经末梢贮存的递质灭活受阻，而使麻黄及其制剂中的麻黄碱升压作用加强，有导致高血压危象和脑出血的危险。也不宜与强心药合用，麻黄碱可兴奋心肌β受体，加强心肌收缩力，因而可使洋地黄类强心药的作用增强、毒性增加，易致心律失常及心衰等不良反应。
含有钙离子的中药，如石膏、龙骨、瓦楞子等，均不宜与强心苷类药物合用，因为强心苷类药物作用时通过心肌释放钙离子，而含大量钙离子的中药会加强强心苷的作用和毒性。复方甘草片与强心苷类药物配伍，易导致心脏对强心苷敏感而引起中毒。
甘草、复方甘草合剂等甘草制剂和鹿茸、首乌及其制剂不能与阿司匹林及降血糖药物合用。与阿司匹林合用，可增加胃肠道不良反应，甚至诱发或加重消化道溃疡。甘草可拮抗降血糖药如胰岛素、降糖灵等的作用。
金银花、连翘、黄芩、鱼腥草等，不宜与乳酶生、整肠生、胃酶制剂等合用，因为这些中药在抵抗病菌的同时也抑制或降低了后者的活力。
中药桃仁、白果、杏仁与安定类等镇静催眠药合用会抑制呼吸中枢、损害肝脏。抗癫痫药与苍耳子、雷公藤合用可加重肝脏损害。元胡止痛片、健胃片、大活络丸等，不宜与阿托品、麻黄碱等生物碱类配伍，以免加重其毒副反应。
引起酸碱度变化
含有酸性成分的山楂、五味子、乌梅、山茱萸、女贞子等中药均可酸化尿液，影响一些西药在肾小管内的重吸收和排泄，如碳酸氢钠、氧化镁、碳酸铋等。上述中药也不宜与口服红霉素制剂、利福平、磺胺类、呋喃妥因配伍应用，因其可使红霉素分解加快，可加重呋喃妥因、利福平、磺胺类的肾脏毒性。含碱性成分的煅龙骨、煅牡蛎、硼砂与阿司匹林、胃蛋白酶合剂等酸性药可发生中和反应，使二者作用互受影响。
甘草及其制剂含甘草酸，不宜与多元环碱性较强的生物碱如奎宁、麻黄碱、利舍平等配伍，因其可产生沉淀使机体吸收减少而降低疗效。人参、三
七、远志、桔梗等不宜与酸性较强的药物配伍，因为在酸性环境中，皂苷易在酶的作用下水解而失效。
含醌类成分的中药如大黄、虎杖、何首乌等不宜与碱性药物配伍，因为这类中药所含蒽醌苷在碱性溶液中易氧化而失效。
影响吸收
含钙、镁、铝等矿物性成分的中药，如石膏、海螵蛸、石决明、龙骨、龙齿、牡蛎、蛤壳、瓦楞子、明矾、磁石、代赭石、赤石脂、钟乳石等，不宜与四环素类和诺氟沙星等抗菌药同服，因为多价金属离子能与其药物分子结合，生成在肠道内难以吸收的络合物，从而降低生物利用度，使疗效降低。
丹参及含丹参的中成药不宜与抗酸药同服，它可与抗酸药中的金属离子结合成络合物，从而降低丹参的生物利用度，影响疗效。
含有槲皮素的柴胡、旋覆草、桑叶、槐花、槐角、山楂、侧柏叶及含芦丁的中药应避免与碳酸钙、维丁胶性钙、硫酸镁、硫酸亚铁、氢氧化铝和碳酸铋类药物合用，因其能形成络合物而相互影响疗效。
牛黄解毒片、麻黄丸、四季青片、清宁片等中成药和地榆、大黄、山茱萸、石榴皮、五倍子、虎杖等中药不宜与胰酶、淀粉酶、胃蛋白酶、洋地黄类、麻黄素、硫酸亚铁、维生素B1等合用，因前者中所含大量鞣质与上述西药能相互结合，生成鞣酸盐沉淀，可引起多发性神经炎、消化不良、食欲不振等。
产生有毒物质
朱砂、磁珠丸、苏合香丸等，不宜与有还原性的三溴片、碘化钾等西药同服，因朱砂中含硫化汞，在胃肠道遇碘或溴后可生成对肠道有刺激性和毒性的溴化汞和碘化汞沉淀物，从而引起药源性肠炎。
含雄黄的中成药，如牛黄解毒丸、六神丸、牛黄至宝丹、清热解毒丸等，不宜与硝酸盐、硫酸盐同服，因雄黄主要成分为硫化砷，同服后胃液内产生少量硝酸或硫酸，使雄黄所含硫化砷氧化生成三氧化二砷，毒性增加，长期应用可引起砷中毒。
由此可见，中西药联合应用并不是简单的机械叠加，应根据中西药所含有效化学成分、理化性质、药理作用、不良反应以及患者个体差异，以及中西药物各方面的科学理论，合理地选用中西药物配伍应用，以发挥中西药物结合在防病治病中的互补作用，真正达到药物应用的取长补短、增强疗效、减少副作用的发生。