黄羽肉鸡相对的养殖时间较长，所以应增加一些免疫项目。如马立克氏病和禽流感，对于马立克氏病，由于该病的易发期多在2月龄以后，所以建议优质黄羽肉鸡在出壳后及时接种马立克疫苗。禽流感现在蛋鸡和白羽肉鸡问题较多，但为减少危险性，建议将其列在免疫程序之中，其他免疫项目根据地区发病特点，可以综合考虑。此外，还要搞好隔离、卫生消毒工作。根据本地区疾病流行的特点，采取正确的方法进行有效的免疫及监测，做好疫病防治工作。
免疫程序一定要根据当地的情况制定，推荐参考程序如下：
日龄 疫苗 接种方式
7日龄 新支二联 滴鼻点眼
12日龄 法氏囊 饮水
18日龄 新支二联 饮水
24-26日龄 法氏囊 D-78 饮水
35-40日龄 新城疫I系 注射
40日龄 禽流感H5、H9 注射
