通过笔者调查，在农村养羊专业户中，发现普遍存在一个突出问题，就是多年不调换种公羊，近亲交配十分严重。多数羊群都是原群自然发展。这些羊群对种公、母羊虽然年年选育，年年淘汰，但由于形成了一个封闭式的群体，种羊之间的血缘关系密切，羊群近亲系数不断提高。
羊只近亲交配造成“两降一高”的弊端。即：羊只性能下降，品种退化，发育不良，生长迟缓，产肉产毛量降低50%；繁殖率下降，由于近亲交配造成怪胎、流产、化胎、死胎不断出现，羊只抗病力差，死亡率高。这些问题必须引起养羊户的高度重视，采取措施认真加以解决。主要办法有三条：
一是适时调换种公羊。在一个羊群的种公羊连续使用两年后，与其他羊群中同一品种的公羊进行调换，以达到降低近亲交配系数的目的。
二是种公羊要单独饲养。到了配种季节，根据血缘关系远的种公羊，进行人工辅助配种或人工授精。采取这两种方法不仅可以避免近亲繁殖，而且可以控制母羊产羔时间，延长种公羊使用年限。
三是山区养羊数量大、集中的乡村，应建立羊只人工授精站，授精站应建立档案制度，包括种公、母羊繁殖登记表、羔羊登记表及后代测定记录表等。有了这些档案，血缘关系就清楚了，就可以有计划选种、选配，避免近亲繁殖。