鸭蛋极容易污染，受到细菌污染，是胚胎死亡的原因之一。所以被污染的鸭蛋须经过消毒，消过毒孵化率可以提高20％左右，消毒的方法有：
1、浸洗 用1%氯氨溶液，或碘溶液（碘5克，碘化钾8克，水1000毫升），浸洗种蛋10～15分钟，待充分干燥后即可孵化，浸洗时溶液温度为35℃～40℃，浸洗的蛋可保存3～5天。
2、熏蒸 按1立方米用40%福尔马林23毫升、高锰酸钾5克的标准。将盛满种蛋的蛋盘放消毒架上，然后用塑料薄膜罩好消毒架，即可将福尔马林倒入放在地上的盆内，跟着就倒入高锰酸钾，立即封严。半小时取出种蛋就可以孵化。
