2.物理消毒，对垫草、粪尿可采用焚烧和生物发酵消毒。铁丝笼等可用火焰灯消毒。注射器皿、小型用具、工作服等用煮沸消毒法。
3.定期驱虫，麝鼠患一些寄生虫病，不仅影响其生长发育，而且有些寄生虫病常导致麝鼠死亡。因此，每年都要定期适时驱虫。目前，高效、广谱、低毒的驱虫剂种类较多，可选择使用。
4.定期灭鼠，鼠是麝鼠某些传染病的直接传播者，也是某些病原的携带者。因此，麝鼠饲养场户应定期灭鼠，切断由鼠传播的疾病。
饲料卫生
饲料卫生的好坏与动物的健康密切相关，动物如吃了腐败变质、发霉或被某些病原菌污染的饲料即会发病。某些植物性饲料在加工、贮藏或运输的某些环节不注意时，也会导致动物中毒。因此，随时了解麝鼠的饲料是否被污染及麝鼠的饲料、饮水是否符合卫生要求是十分必要的。
1.化学性污染，常见的有农药、饲料添加剂、治疗药物等。虽然化学污染毒性含量较低，但有些是剧毒，麝鼠一旦取食，便会发生急性中毒死亡。有些是慢性毒素，麝鼠在长期食用后，会造成慢性蓄积中毒。
2.生物性污染，生物性污染是指细菌及其毒素、霉菌及其毒素和某些寄生虫的污染。如腐败梭菌、肉毒梭毒素、囊尾蚴、弓形体等的污染。
3.饲料的卫生要求，饲料室须严密干燥、通风好，地面应为水泥面，要防止鼠类进入，不允许在饲料室内存放其他物品。购饲料时要把好质量关，可疑的饲料绝不能购入。现场技术人员对每批新购进的饲料要严格检查其新鲜度，必要时可送往技术监督部门检验。对某些质量可疑的饲料可采用小区饲喂试验，认定没问题时方可大批饲喂。
