1、支原体与传染性鼻炎的区别 ： 鼻炎发病时面部肿胀，流鼻液、流泪等症状与支原体相似，但鼻炎发病率高，传播速度快，且剖检通常见不到气囊病变及临床中的呼吸罗音。
2、支原体与传染性支气管炎的区别 ： 鸡传染性支气管炎为病毒性疾病，鸡群发病较急，幼雏常伴有肾脏病变，成年鸡产蛋量大幅度下降并出现畸形蛋，各种抗菌药物无效。
3、支原体与喉气管炎的区别 ： 鸡传染性喉气管炎为病毒性疾病，全群鸡发病急，严重呼吸困难，咳出带血的黏液，很快出现死亡，各种抗菌药均无直接疗效。
4、支原体与鸡新城疫的区别 ： 鸡新城疫表现全群鸡急性发病，症状明显，虽然呼吸道症状与慢性呼吸道病相似，但消化道严重出血，并且会出现神经症状，这易与慢性呼吸道病相区别，鸡新城疫可诱发慢性呼吸道病，而且其严重病症会掩盖慢性呼吸道病，往往是新城疫症状消失后，慢性呼吸道病的症状才逐渐显示出来。
5、鸡支原体与维生素A缺乏症的区别 ： 维生素A缺乏症表现眼中蓄积白色豆腐渣样渗出物，不发黄，食管、嗉囊等黏膜上有许多白色小结节，腿脚褪色，抗生素治疗无效，而且鱼肝油治疗效果很好。
