肉仔鸡非典型新城疫多发生在一些规模养殖户，它的发生没有明显的季节性，发病率不高，临床表现不明显，解剖病变不典型，死亡率低。
发生非典型新城疫的鸡群容易继发支原体和大肠杆菌感染，从而使鸡群死亡率大大增加，生长速度明显变慢，饲料报酬降低，给养殖户带来很大的经济损失。
非典型新城疫的发生大多集中在肉鸡进行二免、三免等的前几天。鸡群中首先出现有呼吸道症状的病鸡，严重病鸡张口、伸颈喘气、咳嗽、食欲降低、拉黄白色稀便，后期拉绿色稀便，精神沉郁，发病后2～3天死亡。
剖检病死鸡，嗉囊空虚，在气管内有灰白色或黄白色粘液，喉头及气管上段有出血；腺胃粘膜上有一层灰白色粘稠分泌物，腺胃乳头出血较少见，有时挤压腺胃乳头流出脓性分泌物；十二指肠淋巴集结及卵黄蒂前后淋巴集结出现肿胀、出血甚至溃疡；在回盲口前方肠粘膜出现出血灶，盲肠扁桃体肿大出血，直肠泄殖腔粘膜出血，越往后粘膜出血越严重。
