种蛋表面有许多细菌，如种蛋粘有鸭粪或其他污物，细菌更多，而且细菌的繁殖速度很快，如不及时消毒，沾污在种蛋上的细菌会侵入胚胎内。因此，种蛋在保存前和入孵前各进行一次消毒，以杀灭种蛋表面上的病菌。消毒方法很多，下面介绍常用的几种。
( 1 ）新洁尔灭消毒法：用5 ％新洁尔灭，加水配成0.1％溶液，对种蛋喷雾消毒。也可将种蛋放入40 ～ 50 ℃ 的0 . 1 ％新洁尔灭溶液，浸泡3～5 分钟后取出种蛋，待种蛋晾干后送贮蛋室或入孵。该方法使用也方便，但应注意，不可将肥皂、高锰酸钾、升汞、碘、碱等物质掺入，以免药液失效。
( 2 ）熏蒸法：这是当前使用比较普遍的一种消毒方法，既方便，消毒效果又好。用药量为每立方米空间用30 毫升甲醛、15 克高锰酸钾一起放在装有种蛋的容器里如瓷盘或碗，随即关闭门窗，室内温度保持在25 ～ 27℃ ，湿度75％ ～ 80 ％。熏蒸20 ～ 30分钟后打开门窗，以尽快排出药气，取出种蛋。消毒时应注意，甲醛和高锰酸钾作用后产生的气体，对人有刺激性，使用时应加以防护，避免接触到皮肤或吸入。
( 3 ）高锰酸钾消毒法：将高锰酸钾配制成0 . 02 ％溶液（即在50公斤水中加入10 克高锰酸钾），然后把种蛋浸泡在40℃ 溶液中2 分钟左右，取出滤干即可入孵。
( 4 ）紫外线消毒法：在离蛋面1 米左右处安装一40 瓦的紫外线灯管，照射10 ～ 15 分钟即可。
