种蛋入孵前进行消毒，可以预防多种疫病的发生，可提高雏鸡的成活率。常用的有以下几种：
【新洁尔灭浸泡消毒法】
新洁尔灭价格便宜，使用方便，消毒效果好。新洁尔灭原液浓度为5%，使用时加50倍的水，即配成1：1000的水溶液，水的温度要求在35—45℃，将种蛋浸泡3分钟，或者直接喷洒到种蛋的表面。使用此法消毒种蛋时，切不可混入肥皂、碘、高锰酸钾、升汞和碱等，否则药液失效。
【高锰酸钾溶液浸泡法】
将种蛋浸泡在0．5%的高锰酸钾溶液中1—3分钟，捞出晾干后装盘入孵。也可用0．2%的高锰酸钾溶液，水温在40℃，浸泡种蛋1分钟，洗去蛋壳上的杂质，晾干，装盘后即可入孵。
【碘溶液浸泡消毒法】
入孵前将种蛋放人0．1%的碘溶液进行浸泡消毒。配制方法：2千克清水中加入20克碘片或30克碘化钾，全部溶解后再加入18千克清水。水温保持40℃，浸泡时间1分钟，捞出晾干后装盘入孵。
应该注意的是用侵泡法消毒的种蛋消毒后必须尽快入孵，一般放置时间不超过24小时。
【漂白粉消毒法】
称取漂白粉1．5千克，溶于100千克清水中，搅拌均匀，把种蛋放于溶液中3分钟即可。消毒液最好现配现用。
【紫外线消毒法】
用40瓦紫外线灯管距离种蛋40厘米左右，正反面各照15—20分钟，即可达到消毒的目的。
【过氧乙酸消毒法】
用有效浓度1%的过氧乙酸，按每立方米30毫升的量，熏蒸30分钟。或者用0．01%一0．04%的过氧乙酸浸泡种蛋3—5分钟，取出沥干后人孵。
【呋喃西林溶液消毒法】
将呋喃西林碾成粉末，配制成0．02%浓度的水溶液，特种蛋放人溶液内浸泡3分钟，洗净取出晾干即可入孵。
【福尔马林熏蒸消毒法】
这种方法效果较好，操作简单，安全可靠。特别是对病毒和支原体消毒效果更好。目前，种蛋和孵化机多采用这种消毒方法。对清洁度较差或外购的种蛋，每立方米用42毫升福尔马林加21克高锰酸钾，在温度25—27℃、相对温度60%一75%的条件下，密闭熏蒸20—30分钟，可杀死蛋壳上95%一98．5%的病原体。在入孵器内进行第二次消毒，每立方米用28毫升福尔马林加14克高锰酸钾，密闭熏蒸20一30分钟，熏蒸结束后打开通气孔，开动风机，排除孵化器中的福尔马林烟雾，然后再正式升温孵化。
熏蒸消毒时注意的问题：种蛋在孵化器里消毒时，应避开24—96小时的胚蛋；福尔马林与高锰酸钾化学反应很剧烈，又具有很大的腐蚀性，所以要用搪瓷盘，不能用金属容器；种蛋从种蛋库取出，在蛋壳上会凝有水珠，一定要让水珠蒸发后再消毒，否则对胚胎不利；福尔马林溶液挥发性很强，要随用随取。如发现福尔马林与高锰酸钾混合后，只冒泡产生小烟雾，说明福尔马林已经生效。
