引起大肠杆菌的原因是各方面的，主要包括以下方面：
第一 免疫抑制因素
机体对大肠杆菌病的抵抗力，既需要细胞免疫应答，也需要体液免疫应答。如果在实际生产中，鸡只感染某些疾病，就会破坏鸡体正常的免疫功能，从而造成大肠杆菌的感染。
第二 应激因素
某些应激反应可引发大肠杆菌病的发生。例如，接种疫苗时鸡群产生的应激反应以及免疫程序设计不当都会引起鸡群抵抗力下降，从而造成大肠杆菌感染；如接种新城疫疫苗和传染性支气管炎疫苗常会继发大肠杆菌性气囊炎；以气雾法接种疫苗时，当雾滴过小会导致肺炎和气囊炎，此时容易受到大肠杆菌的感染。
此外，免疫程序不当导致的呼吸道症状也会引起大肠杆菌的继发感染。
第三 有害环境因素
有害的环境因素也是引起大肠杆菌感染主要原因之一。如不及时清理鸡舍，造成空气中氨的含量超过一定浓度时，长期接触会破坏呼吸道黏膜上的纤毛；相对湿度低于25%既会导致呼吸道黏膜变干，为大肠杆菌进入体内提供条件，还会引起高水平的尘埃悬浮，这些尘埃不仅会刺激上呼吸道，且成为大肠杆菌进入呼吸道的载体。此外，饲养密度过大、气候多变、通风不良等都可成为大肠杆菌继发感染的诱因。
第四 饮饲及营养状况因素
日常生产中，饲养方式、饮水等会直接影响到鸡群营养状况的好坏，日粮营养水平的高低以及不同营养成分之间的平衡状况等都是能否引发大肠杆菌感染的重要因素。因为机体免疫系统的活性，很大程度上取决于营养是否充足。通常情况下，蛋白质摄入量过低会抑制T细胞增殖，影响分泌抗体的浆细胞数量；缺乏维生素A会导致呼吸道黏膜鳞状化变性，分泌黏液的杯状细胞被未成熟的细胞取代，为大肠杆菌的入侵提供条件；饲料中维生素E被氧化性酸败产物～自由基所破坏，也会抑制免疫应答。此外，饮水是引发大肠杆菌病的一大重要因素，如鸡群饮用水源受到大肠杆菌污染后，通常情况下鸡群会发生高水平的全身性感染。
