养殖区与饲料加工区、生活区必须严格分开，在大门口设车辆消毒池。鸭舍应配备有效的通风设备，以便送入新鲜空气，排出污浊气体，保持鸭舍干燥。鸭舍应当建成防鸟类和防啮齿类动物的模式，取暖和降温系统应能提供健康卫生的环境，以满足鸭子的生长。
水源和饲料的选择 污染的水源对鸭子健康是有害的，应使用清洁无污染的饮用水源。营养均衡的饲料对促进鸭子生长起着重要的作用。劣质饲料除了导致营养缺乏外，还可使鸭子处于应激状态，更易感染传染病。尤其不能喂受潮或过期的饲料，因为受潮或过期的饲料黄曲霉素的含量可能超标。
污染源的处理 病死的鸭子可能成为传染源。无论是死于疾病还是正常死亡或淘汰的鸭子都应当进行无害化处理，防止疾病传播。目前，比较有效的处理方法是：焚烧或深埋，可以将垫料和粪便撤播地里或堆积发酵，发酵池应设在养殖场下风向30米处，发酵后的粪便作为种植业的有机肥料。
鸭舍的消毒 养殖场应执行“全进全出”的饲养制度。原有的鸭子转出后，对鸭舍、饲养用具、地面(网床水泥)、通风设备等进行彻底消毒，应空闲1周~2周后方可引进新鸭，平时要经常保持舍内良好的通风和充足的光线。每天要打扫卫生，保持清洁，做好定期消毒工作，给鸭子提供最佳的生长环境。
合理进行免疫接种 除了拥有合理的布局和建筑设计好的鸭舍、营养均衡的饲料、生物安全和卫生消毒计划外，抵御疾病的第二道防线就是免疫接种。作为一个规模化、集约化的养殖场，免疫工作十分重要，要制定切合鸭场实际情况的合理的免疫程序。疫苗可采用注射、饮水和气雾等方法进行免疫接种。
