毒株问题，由于高致病性禽流感病毒易变，毒株之间也存在免疫性差异，不同禽类对同种疫苗的应答也有些不同。因此应筛选免疫性好的毒株生产疫苗；免疫抗原量问题，从免疫试验和生产中使用结果表明，禽流感病毒可算在禽类病毒病中免疫性较差的一种病毒，疫苗免疫期较短。因此在生产疫苗时应考虑提高毒价和疫苗中的抗原量；由于陆禽有H5N1和H9N2亚型毒株感染致病，而水禽目前仅H5N1亚型感染致病，因此应有鸡用和鸭用、鹅用灭活苗；由于不同禽类，应筛选出陆禽和鸭、鹅等专用性毒株生产疫苗。不能一毒株永不变打天下，鸡、鸭、鹅和长期使用，防止商业运作；疫苗剂型，应根据防疫和扑灭等不同用途生产不同剂型灭活苗。油乳剂灭活苗一般15天左右才能产生较高抗体，属于预防型疫苗，在紧急情况下用它很难起作用。而用另一剂型灭活苗，一般在5～7天能产生较高抗体，较快控制疫病的流行，在紧急情况可发挥其作用。
免疫程序 灭活疫苗有免疫保护性，是预防本病的主要措施、关键手段和最后防线。应选用与本地流行毒株的或占优势相同亚型毒株的灭活苗免疫。灭活疫苗免疫应根据禽的品种及其用途和本病的流行情况决定其免疫程序。
肉用水禽：饲养期为40天左右的肉用水禽。有本病流行的区域内，应在5～7日龄进行免疫，每羽皮下或肌肉注射0.5ml（毫升）灭活苗。在无本病流行的区域，可在10～15日龄进行免疫，每羽皮下或肌肉注射0.5ml（毫升）油乳剂灭活苗，或0.5ml（毫升）灭活苗。
饲养期为40天以上的肉用水禽，或商品水禽。有本病流行的区域，首免应在5～7日龄进行免疫，每羽皮下或肌肉注射0.5ml（毫升）、灭活苗。无本病流行区域内，可在10～15日龄进行免疫，每羽皮下或肌肉注射0.5ml（毫升）油乳剂灭活苗。二免在一免后30天左右进行免疫，每羽肌肉注射0.5～1.0ml（毫升）油乳剂灭活苗或灭活苗。
种鹅、种鸭和蛋鸭：首免、二免按上方法进行免疫。三免在产蛋前15天左右进行免疫，种禽每羽肌肉注射1.0～1.5ml（毫升），蛋鸭每羽1.0ml（毫升）油乳剂灭活苗。在产蛋中期（即三免后3个月）进行四免，剂量同三免。体型大的种禽应适当加大疫苗剂量，以确保免疫效果。
