奶牛无论在牧场、在运动场、在挤奶厅内，还是躺在畜栏内，如果管理不当，那么它们很可能遭受种种危害，如污染的水源、废弃的铁丝、带铁钉的木板、玻璃、陈旧的设备、牛粪和泥泞区域等，都能影响奶牛的健康和原料乳的质量及安全。
因此如何加强对牛场的设施、牛粪的管理及对周围环境进行严格的管理及控制，保证原料奶的质量安全和奶牛的健康，使牛场获得长期稳定的经济效益，促使其向可持续的生态型牛场发展，是当前养牛者应该关注的重点之一。
泌乳牛舍最佳管理
泌乳牛舍应该是奶牛的清洁、干燥、舒适和安全的场所，这有助于减少物理性创伤、微生物传染引起原料乳质量安全的危害。
1.拴系式畜栏
小道、地面、畜栏高度和边沟系统的设计应减少奶牛受到创伤的机会，并且容易维护。
2.自由活动畜栏
确保小道足够宽，便于牛行走、运输饲料和垫料，并且员工容易观察牛健康状况。同时确保小道没有死角。保证地面有小凹槽，以防奶牛滑倒而引起乳房、牛蹄和身体的创伤。
3.妊娠牛舍和围产牛舍
其设计应该考虑到奶牛的安全、舒适和清洁。目前，认为降低环境乳房炎发生几率的最好方法就是保持牛舍干燥和清洁。限制牛粪清洗设备接触牛舍，为每头奶牛提供充足的活动休息空间，为奶牛产犊提供好的地面条件。
4.通风
对于普通畜舍、暖畜舍和可调式畜舍而言，畜舍的通风系统的设计应该注重为奶牛提供最舒适的健康环境，并且预防原料乳不良风味的产生。提供适合的通风，确保足量的新鲜空气进入室内，以便降低室内温度和相对湿度，奶牛舍温度不应该超过25℃，舍内湿度为80%。同时，保证牛舍的适当通风，还可以减少牛舍内的不良气味、气体、灰尘和病原微生物数量。
畜栏和垫料的最佳管理
1.奶牛畜栏区域的设计要求
畜栏的设计要保持畜栏清洁、干燥和易于排污，保证奶牛躺下时，不要碰到隔栏;区域直径设计要保证容纳奶牛能向前和侧面移动，当奶牛站立时，需要足够的活动空间;地面保证合适的坡度(建议最小为2～3%)，便于地面排污，使用带有弹性的垫料。路边高度的设计要平衡牛粪收集和最小乳房损伤的情况，一般以20～30cm为宜，以把牛粪、残留污物和水拦在畜栏外面。每天至少清洗畜栏两次。
2.畜栏垫料材料要求
能吸收的、舒适的和不能促进细菌生长。两个选择：①有机的(例如：锯屑、刨花、麦秸和土);②无机的(例如：沙子、砂石、河砂和石灰石粉)，最好能与牛粪同时储存和处理。
牛粪储存和处理的最佳管理
为了预防疾病的传播和维护奶牛健康，牛粪必须按时从牛舍和饲养设施中清除，而且，其在被用于土地肥料之前，必须储存一段时间。因此加强牛粪的管理，防止奶牛接触牛粪，减少不良气味和飞虫出没，预防其对饮水的污染，是提高牛场综合管理效益的关键。
1.确保牛粪储存区域足够大
牛粪储存设施应该足够大，以便储存牛粪、垫料、废弃饲料和所有的液体，同时还包括用于肥料之前的沉淀物。较大体积的牛粪储藏池具有足够的储存空间，允许牛粪储存到给庄稼上粪肥的最佳时间。不同的地区牛粪储存时间是不同的，各地应该根据自己的实际情况制定最佳计划。
2.遵守间隔距离
当计划建造新的牛粪储藏场所时，应该考虑到牧场的所有结构、建筑位置、重建区域、临近建筑物和风向，保证牛舍建筑之间的适宜间隔距离，以及牛粪和动物房舍、水源、生产线、最近居民点和高速公路的距离。
3.牛粪处理
牛粪储藏设施应该正确地施工，以防止牛粪泄露，污染地面和地下水。牛粪储藏者应该备有处理偶然发生牛粪泄露的计划。
限制奶牛接近牛粪储存地，以减少疾病传播危险。牛粪中存在的微生物能引起许多疾病，例如大肠杆菌是奶牛垫料和牛粪中普遍存在的一种细菌，如果奶牛乳头接触牛粪，大肠杆菌就可以传播，这能导致乳房炎和其它疾病，同时也可以污染原料奶。牛皮被牛粪污染的奶牛，当其在屠宰场被屠宰时，也能增加大肠杆菌传播的危险。
清洗隔离区域时，仅能使用清洁的水清洗隔离区域，不要用用过的水清洗隔离区域。同时避免使用长茎秸秆和饲料废弃物做垫料。
挤奶中心最佳管理
挤奶中心废水含有污染物，除非废水经过适当处理，否则它能污染环境和成为飞虫和细菌繁殖基地，众所周知飞虫是传染性乳房炎细菌的传播者。
处理储奶间废物有很多种方法，但针对特定形式，每种处理方法都有其各自的优点和缺点。所以挤奶中心的卫生和挤奶操作要选择符合自己的实际的正确方法。
储奶间最佳管理实践
储奶间是牧场原料奶质量控制最后一个环节，是专门用于冷却和储藏牛奶的场所。所以必须保证挤奶厅的清洁卫生，以及良好的排水系统。
挤奶厅排水包括挤奶设备和奶罐清洗水，地面排水应该有一个沉淀桶，滞留较大的固体。排水系统必须易于清洗气体的排放，保证储奶间和挤奶中心气味排放。排水系统应该按时清洗，避免阻塞。
建议排水系统与牧场奶罐出口的距离最小保持在60厘米，不要直接位于奶罐下面，这主要是避免奶罐出口被污染。
运动场和育肥场最佳管理
运动场和育肥场是牛粪、细菌、杀虫剂和其它化学危害来源的主要区域，同时也是能增加家畜创伤危险的场所，所以要加强运动场和育肥场的管理和维护，限制奶牛接近牛粪和废弃物储存地。
同时，运动场的设计要兼顾到安全和清洁的两方面的要求。因为运动场始终是湿的，而且动物运动也非常普遍，所以在铺设运动场时要选用防滑材料，并且易于排水(无污染的)，像雨水、雪水、屋顶和房檐水，当它们接触运动场牛粪之前，要及时排走。
牛群通道
建筑和维持适宜的通道和交通区域，是预防环境乳房炎和保持乳房清洁的有效措施。
奶牛不应该无限制地接近牛奶或饲料运输工具经过的操场和通道部分。由于土壤和牛粪能粘附到卡车或卡车轮胎，所以牧场操场或通道的牛粪积累被认为是污染的可能来源之一。
确保通道设计与适当规模的奶牛转移相配套，例如5米宽的通道适合小于200头奶牛。奶牛过道路面千万不要使用砂石，因为砂石能引起奶牛蹄子擦伤。
牧草最佳管理
1.杀虫剂的使用和杂草控制
牧场使用的杀虫剂或其它化学物质须是牛场允许使用的产品。农场使用的所有化学物质，无论其是否是奶牛专用药物，都必须避免药品进入饲料、乳和肉中。应用批准使用的杀虫剂来控制内部和外部的寄生虫。当为牧场和草场使用杀虫剂时(例如除草剂)，一定要按照标签说明操作，并提供适当的储存设施以存放杀虫剂、药物处理的种子和化肥。
2.放牧管理
牧场管理的最佳目标就是能将奶牛生产需要与牧场质量和牧草可利用程度相平衡，同时降低化学性、生物性和物理性对原料奶发生危害的风险。如果必要的话，可以通过评价牧草质量、牧草供应情况和牛粪积肥情况，适当减少放牧密度