中草药的抗菌作用一方面通过中草药中含有抗菌物质如小檗碱、大蒜素、大黄、鱼腥草素等植物杀菌素直接作用于微生物，另一方面通过调动机体的免疫系统来杀灭微生物。
常见的有穿心莲、黄芩等。常见复方为，四味穿心莲散、白头翁散、四黄消炎散等。
