患有非典型新城疫的产蛋鸡出现卵泡变形、血肿、充出血，易破裂。输卵管水肿，有分泌物，子宫部呈粒状水肿。发病后期，鸡消瘦，卵泡和输卵管萎缩。公鸡睾丸双侧萎缩。
非典型新城疫主要表现：十二指肠远端有岛屿状突出(突出肠粘膜表面)，表面有时出血。盲肠扁桃体肿胀出血，泄殖腔充血、出血，腺胃肿胀，乳头出血不明显。
产蛋鸡发病后多表现非典型新城疫。发病初期出现轻微呼吸道症状(以呼噜为主)，2～3天后鸡群采食量逐渐下降，产蛋率出现波动，4～5天后，采食量和产蛋率迅速下降。一般采食量下降为10％～30％，产蛋率下降幅度为30％左右。发病后9天左右采食量开始恢复，15天左右恢复原来水平；产蛋下降7～10天降到最低谷，然后缓慢回升，回升期很长，一般需要1～2个月。
部分鸡消瘦、停产，达不到应有的产蛋水平。产蛋下降幅度越大，恢复越慢。产蛋下降时，褪色蛋、薄壳蛋增多；产蛋恢复期，小蛋、畸形蛋增多。在刚开始发病时，少数鸡精神不振(有的鸡群出现较大比例的鸡精神沉郁)、倒冠、冠尖发紫、冠萎缩，部分鸡拉黄绿稀便。采食量回升时，粪便恢复正常，呼吸道症状也减轻或消失。个别鸡表现神经症状。鸡群发病过程中，死淘率基本正常。
