通风不良会导致鸡舍内有害气体含量超标，影响鸡只生长发育和后期的生产性能，甚至导致疾病发生。有害气体主要有：
氨气
家禽粪便中的尿酸和未消化的蛋白质在微生物作用下生成氨气，可以直接危害家禽的呼吸道，在氨气浓度较高的条件下，会引起家禽免疫机能下降。鸡对氨特别敏感，氨对鸡产蛋性能有严重的影响，当禽舍内氨气的浓度大于每升20毫克时，在这种环境中饲养6周的鸡或者火鸡，即可出现肉眼可见的病理变化，而且鸡对新城疫病毒更易感。养禽场为了保温取暖，常紧闭门、窗（特别是夜间），舍内通风换气不良造成氨大量滞留，对家禽造成危害。因此，有的国家规定鸡舍中氨的最高浓度为每升20毫克。
微生物 禽舍内空气的致病性微生物是呼吸道传染病传播的元凶。致病性微生物主要是通过3种方式传播疫病：一是病原性微生物附着于尘埃微粒上传播疫病；二是病原性微生物附着在禽鼻腔和咽喉，通过咳嗽和打喷嚏形成飞沫污染禽舍空气引起疫病的传播；三是病原性微生物附着于气溶胶中传播。
一氧化碳 在密闭式禽舍内生火取暖时，如煤炭燃烧不完全，特别是在夜间，可能造成一氧化碳中毒，一氧化碳对神经、血液系统具有毒害作用。
微粒 禽舍内的微粒，一部分由舍外进入，一部分在饲养管理过程中产生。微粒降落在禽机体上，可以与皮脂腺的分泌物、细毛、皮屑、微生物等混合在一起，粘结在皮肤上，使皮肤发痒，甚至发炎，使皮肤干燥脆弱，易遭损伤和破裂。大量的微粒被家禽吸人呼吸道，引起气管炎和肺炎。如果舍内空气湿度较大，微粒可吸收空气中的水汽和部分氨形成混合微粒，如沉积在呼吸道黏膜上，可使黏膜受刺激，引起黏膜损伤，微粒越小，危害性越大。
