绿头野鸭的抗病能力比家鸭强，一般成年鸭较少患病，但育雏期对温度、饲料品质和营养水平的要求较严，很少因传染性疾病而死亡。因饲养管理不当使雏鸭患病死亡，则是雏鸭死亡的主要原因。冬季和早春气温低，育雏管理如不注意保温，则鸭雏易扎堆或受寒拉稀，感染肺炎并造成死亡。霉变饲料易引起绿头野鸭霉菌中毒，其死亡率高于北京鸭与绍鸭。因此，野鸭饲料必须新鲜。
虽然绿头野鸭抗病力强于家鸭，疾病较少，但在人工驯养及常与其他禽类接触的条件下也可感染不少禽类疾病。常可发生的疾病有鸭瘟、鸭病毒性肝炎、禽流感、禽霍乱、鸭疫巴氏杆菌病、大肠杆菌病、沙门氏菌病、禽丹毒、衣原体、绦虫病与棘头虫病等。现介绍部分常见疫病及防治方法：
鸭瘟
病原 鸭瘟又称病毒性肠炎，是鸭瘟病毒引起游禽类候鸟的急性败血性传染病，绿头野鸭易感染发病。本病可全年发生，但夏秋季多发。幼鸭、成鸭均可感染，种鸭发病死亡率高。病原存在于病鸭及带毒鸭分泌排泄物中，可通过消化道、呼吸道、交配、伤口与吸血昆虫等多种途径传播。
症状 潜伏期2天～5天。病鸭精神沉郁，厌食或绝食，腿麻痹无力，严重腹泻，拉绿色稀粪。鼻流黏液，呼吸困难，眼流浆液性或黏液浓性液体，结膜出血有小溃疡。部分病鸭头颈肿胀。病程2天～10天。
病变 头颈皮下水肿，皮肤出血，体内黏膜浆膜及多处器官出血。肝、脾脏肿大出血及灰黄小坏死灶。特征病变为口腔、食道及泄殖腔黏膜坏死，形成灰白色或黄褐色痂。肠黏膜出血及小坏死灶，小肠环状带出血，肿胀及表面坏死。
防治 在疫区，每年用鸭瘟弱毒苗对鸭群定期接种，可预防本病。20日龄雏鸭或成年鸭用苗后免疫期可达半年。发病后鸭瘟弱毒苗全群紧急接种也可控制疫情。病鸭用鸭瘟血清0．5毫升／只肌注，有一定疗效。同时作好鸭场消毒及病死鸭处理。
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