消毒剂按照其化学作用原理或灭菌机理分为4类。其一，碱性消毒剂，主要有生石灰、草木灰、烧碱和季铵盐。其二，酸性消毒剂，包括乙酸、甲酸、苯甲酸、乳酸、水杨酸、盐酸、硫酸等。其三，氧化性消毒剂，主要有过氧乙酸、过氧化氢、次氯酸、高锰酸钾、碘酊、酚类、醛类（甲醛、戊二醛等）等。其四，醇类消毒剂，主要有乙醇、异丙醇两种。
国家环境保护行业标准(HJ\\T80-2001)对我国畜禽养殖场能够使用的清洁剂和消毒剂提出了明确规定。在鸭场使用消毒剂时，应严格执行HJ\\T80-2001标准的各项要求。该标准提出了允许在鸭场使用的清洁剂和消毒剂主要有19种，包括水和水蒸气、软皂、 石灰水、生石灰、次氯酸钠、氢氧化钠、氢氧化钾、过氧化氢、柠檬酸、过氧乙酸、蚁酸、乳酸、草酸、乙酸、酒精、甲醛、碘酒、高锰酸钾、碳酸钠。酸类消毒剂因其具有较强的腐蚀性，养鸭场不常用。
碱性消毒剂
常用的碱性消毒剂主要有生石灰、草木灰、烧碱和季铵盐。用3.0%～5.0%的生石灰水溶液、1.0%～2.0%的烧碱溶液喷洒消毒鸭舍内地面、墙壁、网架结构、水槽和食槽等养殖设备及运动场等，具有良好的消毒作用。冬季北方地区在使用火碱溶液消毒时，应防止冻结而降低消毒效果。火碱溶液有强烈的腐蚀性，不应用于金属器械、纺织品的消毒。更应避免鸭群直接接触火碱溶液。草木灰与水按1:10的比例混合均匀，制成水溶液，喷洒鸭舍、运动场，浸泡消毒水槽及食槽等,水温为50～70℃时消毒效果最好。
（2）氧化性消毒剂
氧化性消毒剂主要有过氧乙酸、过氧化氢、次氯酸、高锰酸钾、碘酊、酚类、醛类（甲醛、戊二醛等）等。
0.3%～0.4%的高锰酸钾溶液可用于消毒鸭舍、运动场、水槽及食槽等。用高锰酸钾和福尔马林进行熏蒸消毒时，消毒剂量为每平方米鸭舍使用福尔马林40升、高锰酸钾20克。方法是将福尔马林迅速、轻轻倒入盛有高锰酸钾的容器中，操作人员立即离开鸭舍，关严门窗30分钟。鸭舍温度保持在24℃以上，湿度75%以上时，熏蒸消毒效果较好。
漂白粉混悬液能有效杀灭细菌、病毒和炭疽芽孢，用于圈舍、饲槽及排泄物的消毒。使用的溶液浓度为5%。使用漂白粉混悬液消毒时，应现用现配，避免用于消毒金属器械。
