肉鸡球虫病控制的一个核心问题是免疫力问题。这个问题对兽医门诊尤为重要。很多鸡场发生球虫病用药后好转，停药复发。
这说明鸡场中球虫对所用药物敏感，用药时只有一部分鸡感染较为严重，停药后这部分鸡可能产生一定的免疫力，但剩下的鸡在停药后会接着感染球虫而成为新的发病者，如此重复，直到所有鸡都具备了免疫力。
在饲料中药物较为敏感的情况下，免疫力的产生会推迟，所以有的鸡群在使用不含抗球虫药的饲料时会出现球虫病。在缺乏有效的预防药物的情况下，免疫力的产生成为对付球虫病的主要手段。
实际上，在饲料中药物敏感性不高的前提下，大部分鸡舍中粪便卵囊数量在4～5周达到高峰，这代表鸡群中大部分鸡受到感染，鸡群在5周龄后就会产生较强的免疫力，对球虫感染的敏感性下降，鸡群不再表现严重的球虫病症状。
鸡与球虫的关系，如同古代战争中攻与守的关系，药物如同城墙，球虫凭借抗药性跨越城墙，免疫力如同守城的战士，强有力的战士可以击败攻上城墙的敌人。
如果肉鸡没有产生免疫力，在任何时候都有可能出现球虫病，而且发病越晚危害越大，所以免疫力的产生越早越好。要使鸡群较早产生针对各种球虫的免疫力，使用球虫疫苗是一种最佳选择，实际上也是惟一的选择。
使用球虫疫苗后，2～3周就可以产生针对各种球虫的免疫力，比自然感染产生免疫力的时间大大提前，可以对鸡群提供更好的保护作用。
