近年来，随着现代化养猪生产条件的变化，猪只密度过大，导致猪的呼吸系统疾病和气源性的全身性疾病成为当前养猪场最严重的问题，常常带来巨大的损失，轻则生长缓慢、延迟上市，重则大批死亡。
猪呼吸道疾病的发生和呼吸道结构特点息息相关。正常猪成熟的呼吸系统由鼻腔、咽、喉、气管、支气管、肺组成，构成三道天然的屏障，各自有一系列完整的组织结构和各自强有力的特异防御机能，是气体进出肺的通道，也是猪与环境的一个重要接触部位。三道防线密不可分，相互保护和促进，一旦某一道防线受到破坏则往往波及其他防线，致使病情加重。
第一道防线
鼻腔内含丰富的血管和黏液腺，增加吸入气体的温度和湿度，粘住吸入气体中的尘埃和微生物，鼻孔中的鼻毛捕获较大的颗粒如尘埃，其沉积在鼻甲周围被排出。
造成这道防线严重破坏的是猪萎缩性鼻炎的病原，其对猪鼻黏膜纤毛上皮细胞有强烈的亲嗜性，产生数种毒素，还可定居在呼吸道，引起继发感染，发生化脓性支气管和肺炎。此外，氨气、尘埃首先侵袭的也是这道防线。
第二道防线
喉和气管的黏膜上皮细胞上有定向摆动纤毛，借助于咳嗽将异物排出;分泌的黏液中含有溶菌酶、干扰素、免疫球蛋白、铁蛋白和β溶解素等多种杀菌杀毒的生化物质，使进入呼吸道的微生物失去感染力;上呼吸道分泌的IgA主要产生黏膜免疫保护作用。
猪肺炎支原体是破坏此天然屏障的重要病原，也是呼吸综合征发生的主导病原体，为许多病原体的入侵打开了门户，常致继发性混合感染，如继发猪蓝耳病、胸膜肺炎、副嗜血杆菌等。
第三道防线
这道防线分泌的IgG固定补体、调理活性，内含的大量吞噬细胞、淋巴细胞等可清除外来物质。猪繁殖和呼吸综合征病毒严重损伤第三道防线，并发生严重的免疫抑制，且使机体对其他病原体的易感性增高，如可同时造成圆环病毒、副猪嗜血杆菌及胸膜肺炎等病原体的感染。
此外，在外观正常猪的扁桃体和呼吸道某些器官中，常潜在有许多病原体，如支原体、萎缩性鼻炎、胸膜肺炎、副猪嗜血杆菌、链球菌等，在猪群免疫力低下或发生应激时，这些细菌常成为继发性或机会性病原，使病情加重。
