常用于种蛋消毒以预防胚胎垂直传播的疾病，亦用于胚胎病的治疗。
1.熏蒸法 将种蛋放入消毒箱或孵化器内，关闭门窗和出气孔，将适量消毒药加热熏蒸雾化。消毒时间在30分钟左右，常用于熏蒸法消毒的药物有甲醛和高锰酸钾等。
2.浸泡法 将种蛋置于一定浓度消毒液体中浸泡消毒，以杀灭种蛋表面的病原微生物或渗入蛋内杀灭病原体。为使药物渗入蛋内，可用变温法先将种蛋放入孵化器中，加温至38度，经3~4小时，再取出种蛋并立即浸入3度~15度的药液中，保持15分钟。利用种蛋与药液之间的湿度差形成蛋内负压，使药液渗入蛋内。
3.注射法 是将药液直接注射到鸭胚的一定部位，如通过气室注入蛋白内（如庆大霉素），注入蛋壳膜内（如维生素B1），以及注入绒毛膜或尿囊腔内，如疫苗接种，可用于鸭胚疾病的预防和治疗以及疫苗接种等，这也是实验室常用的经种蛋或鸭胚的给药方法之一。
