合理应用抗菌药物系指在明确指征下选用适宜的抗菌药物，并采用适宜的剂量和疗程，以达到杀灭致病微生物和控制感染的目的，同时采取相应的措施以增强畜禽的免疫力和防止各种不良后果的发生。
首先应根据药敏试验结果，选用高敏药物，在高敏药物中应首选价廉、药源广、口服(拌料或饮水)易被吸收的抗菌药物。一是窄谱抗生素可以解决问题的不选广谱抗生素。二是一种抗生素可达到治疗作用时，不要用两种药物联合应用。三是必须应用两种抗生素时，应选择联合应用具有协同作用的药物。同时要注意治疗用药的剂量和疗程的长短。处理一般感染时，不要盲目增加药物剂量。如果是严重的全身感染，在最初的治疗阶段(1天～2天内)可适当加大剂量，而后再给予常量，有利于控制感染，减少损失。疗程的确定与感染性质有关，对于急性感染，当给药后死亡明显减少，群体整体状态好转，再继续给药2～3个疗程。
其次抓住治疗时机也是非常重要的。有的传染病不是全群发生，而是在群体中不断出现新发和死亡病例，这种情况下给药时机应突出一个“早”字，对控制新发病例、降低死亡、减少损失是有重要意义的；而有的传染病是在群中传播较为迅速的传染病，但在发病早期，群体食欲还未见明显变化时，及时口服敏感药物，对提高疗效、缩短病程是十分有利的，但贻误了时机，只能通过注射的办法给药，从而增加了资金消耗，加重了防疫人员的负担。在治疗中还应加强畜(禽)群的饲养管理，改善环境卫生条件，认真做好卫生综合防治措施。
三是必须强调综合性治疗的重要性。在应用抗菌药物治疗感染的过程中，必须充分认识到机体免疫力的重要性，过分依赖抗菌药物的功效而忽视机体内在因素是抗菌药物治疗失败的原因之一。因此，在应用抗菌药物的同时，应使动物的机体状况有所改善，各种综合措施如纠正水、电解质和酸碱平衡等均不可忽视。
