在现有的兽药连锁经营中，基本上采用的都是开分店的模式，也就是所谓的直营连锁。即由公司本部直接经营投资管理各个零售点的经营形态，此连锁型态并无加盟店的存在。总部采取纵深似的管理方式，直接下令掌管所有的零售点，零售点也毫无疑问地必须完全接受总部的指挥。直营连锁的主要任务在“渠道经营”，意思指透过经营渠道的拓展从消费者手中获取利润。因此直营连锁实际上是一种“管理产业”。
而直营连锁模式在目前的兽药市场中也有着不少问题。首先当经销商把分店开到一个新的产区，吸引客户是头号任务。他们将直接面对本地兽药店的竞争，特别是在初期阶段，其他兽药店在税收和人脉资源上的优势对连锁店会构成较大威胁。四会动物防疫监督所副所长顾建新则认为，本地兽药店的老板一般都是当地兽医诊疗方面的权威，当地养殖户都是相信他的技术才来买他的药，这种信任还是比较牢固的。
在资金技术等方面，直营连锁想进一步做大也面临困难。一般来讲，兽药销售商从业就要准备两笔资金投入，一笔是进货和管理资金，另一笔是赊销资金，两笔资金加起来最少也要在20万元。赊销是养殖户选择兽药时考虑的一个主要方面，也是经销商控制客源的有效手段，传统兽药店由此形成的人脉基础和操作上的便利使得连锁店经营再正规、价格再低廉、服务再到位，也难有吸引力。而连锁经营财务管理上的严格要求使它基本不可能赊销。而且随着开店数量的增加，进货和管理资金的压力也会越来越大，令经销商难以承受。在这方面政府的扶持力度也不够，尽管国家各部委相继出台关于鼓励连锁的文件，但都存在执行偏差的问题。目前国家还没有明确的政策支持兽药连锁企业融资，尤其是中小企业。跟人药的大连锁经营相比，兽药连锁还需要大量资本的进入才能真正实现。
