在自然养殖条件下，鸵鸟产蛋落地后常常被泥土、粪便污染，受污染的鸟蛋经过清洗、消毒等多重手续处理，还是免不了受细菌感染，孵化过程中常出现中晚期蛋内雏鸟死亡，甚至出现"炸蛋"，以致整箱蛋受感染而报废，给饲养场带来不必要的经济损失。我们在对孵化中的鸟蛋进行多次观察，发现受污染的鸟蛋在孵化中期出现蛋内有多处细菌斑点，还有孵化后期的鸟蛋因受细菌感染，自身蛋温升高加快，致使晚期死亡。通常在孵化过程中发现有些鸟蛋后期突然失重加大，解剖后雏鸟干枯死亡，这便是典型的细菌感染。
一、分管技术员要掌握鸵鸟开产期，首先备好经过熏蒸消毒的塑料袋或干净毛巾。
二、通知饲养员对开产期的鸟进行观察。一般开产鸟在前10天左右雄鸟帮助母鸟在圈内"扒窝"，母鸟常在坑边转圈，鼻孔发红，开产当天进食量减少，特别是产前母鸟在圈内来回走动焦燥不安，这时饲养员要把手用消毒液洗干净，准备好塑料袋或毛巾，静候在鸵鸟不易发现的地方进行观察。（鸵鸟产蛋一般是在下午2点～7点左右）。
三、产蛋前2分钟左右，母鸟会蹲下，口流黏液，扇动双翅，发出震颤声，开始产蛋。
四、接下的蛋是干净潮湿的，饲养员要及时送交种蛋熏蒸室，孵化员接管进行消毒立档储存。消毒时要等蛋表面水份风干后才能进行。（雨天接蛋要用塑料袋，防止雨水污染）。
五、熏蒸或储存鸟蛋应把有气室的一头朝上放好。鸟产蛋时有气室的一头先出来，接蛋时只要注意一下，告知孵化员便行了，接蛋能解决气室方向认定的一个难题。