1、接种前鸡带强毒。接种时鸡群内已潜伏了强毒病原微生物，只是未表现明显的临床症状，或接种人员和接种用具带有强毒微生物。
2、接种时间不适宜。农户难以确定接种疫苗的准确时间，免疫效果也就存在不确切的可能性。如果接种时间过早，则会与雏鸡体内的母源抗体发生中和反应，被中和的疫苗就起不到免疫作用；若疫苗接种时间过晚，因雏鸡体内母源抗体低，则可能在预防接种前已被病毒感染而发病。
3、疫苗使用剂量过大。例如，雏鸡大剂量使用新城疫Ⅰ系疫苗会导致扭头、转圈等神经症状。大剂量使用传染性喉气管炎疫苗会出现流泪、喉头出血等传染性喉气管炎症状。
4、接种后引起不良反应。例如鸡新城疫Ⅰ系疫苗、鸡传染性支气管炎疫苗的接种，可能造成本来不明显的败血支原体病暴发。因此，当鸡群有败血支原体潜伏又要进行上述疫苗接种时，应考虑提前给免疫接种的鸡服用药物，以便减轻或防止潜伏疾病暴发。
5、疫苗使用技术错误。例如，有的养鸡户利用饮水接种疫苗，因使用的自来水带有消毒药，或者使用金属类饮水器，或者停水时间不当，或者疫苗饮水时间过长（超过两小时以上）等，造成疫苗效价降低，从而影响了免疫效果。
6、不同种类疫苗间的相互干扰。养鸡场往往几种疫苗同时使用。例如，有的养鸡户同时接种鸡新城疫Ⅰ系疫苗和鸡痘疫苗，由于鸡新城疫Ⅰ系苗具有很强的干扰作用，可导致鸡痘疫苗免疫失败，从而有可能发生鸡痘。因此，为了保证免疫效果，最好单独接种疫苗，以便产生坚强的免疫力。
