鸡饲养期间所积蓄的病原菌，务必在鸡出舍后的空舍时进行一次彻底清扫。鸡舍内细菌污染度高的地方是鸡粪附着的床面和笼养鸡舍的笼架处，壁面和顶棚污染程度低，但是，在消毒时也不要放弃。所以，对鸡舍的全面消毒是必要的，其要点如下：
（1）彻底清洗
水洗并洗净鸡舍内的材料，这是消毒作业的前阶段工作，非常重要，因为事关消毒效果。近年来，一定要采用清洗专用的高压温水洗净机，效果很好。高压加高温水，容易使床面粘着的当物和油污脱落，而且干得快，从而缩短了工作时间。
此外，在水洗前喷洗净剂，不仅容易使床面粘着的鸡粪剥落，同时也能防止尘埃的飞散。再则，在洗净时用铁刷擦洗，能有效地减少细菌数。
一般水洗需水量为每平方米6升。水洗结束的标准为：肉眼不见鸡舍内有污物。
（2）消毒剂的选择
各种病原体只用一种消毒剂消毒是不行的。因此，对于一般的病原菌和病毒，采用苛性碱；对于特殊的病原菌（梭菌类的芽孢菌和肝病病毒等的无细胞特殊病毒），要用氯系列的消毒药剂；对于球虫类的卵囊，则用杀卵囊药剂。消毒剂采用液状或雾状喷雾方法，每立方米用水量约为1升。先喷顶棚，再喷壁面，后喷床架。
也可以用福尔马林等进行气体熏蒸。需要注意的是，福尔马林等消毒效果高，但对人体也有坏的影响。因此，在操作时务必小心。
在消毒的时候可以用动力喷雾机。最近，国内外不少鸡场在鸡舍入口处安置喷气式弥雾机，把福尔马林等药剂变成微粒喷向舍内，这样一来，工作人员不进入鸡舍也能消毒作业，既消除了药剂对人体的影响，又能省力。
2、严禁带入病原菌
即使在空鸡舍内进行了充分的消毒，如果以后又带进病原菌，那就失去了消毒的意义。引起传染病病原体是单独侵入而来的，许多场合是因为出入养鸡场的车辆、人员和物品中附着病菌而带入的。
这种来自外界的病原体，要想切断其侵入，控制外部人员进入农场。在鸡场的入口处，安装车辆专用消毒装置（没有专用的装置，也可以安装专门的动力喷雾机）。在鸡舍的入口处设置脚踏消毒槽。消毒槽内的消毒液必须定期更换（根据消毒药的种类，1－4天更换一次）。
为了防止人带进病原菌，在鸡舍的出入口，最好换上工作服和工作靴，如果不可能实行，则要严格使用上述的脚踏消毒槽、认真洗手、经常清洗工作服（洗后在直射阳光下干燥）。
以上途述的是以鸡舍内消毒为中心预防疾病的方式。在使用消毒药剂时，要参照说明书，掌握适当的浓度范围，如果浓度低，效果不好，如果浓度高，不仅浪费，而且产生意想不到的副作用，请充分注意这一点。
