根据国务院办公厅《关于做好规章清理工作有关问题的通知》（国办发[2010]28号）要求，农业部对规章和规范性文件进行了全面清理，决定废止4件规章、48件规范性文件，宣布11件规范性文件失效。
一、废止的规章目录
1.农业部国营农场农机化管理暂行细则（1989年5月10日（1989）农(体改)字第8号）
2.关于加强外海作业渔船管理的通告（1994年11月9日农业部令第4号发布，2004年7月1日农业部令第38号修订）
3.农业部关于在东、黄海实施新伏季休渔制度的通知（1998年4月2日农渔发[1998]6号）
4.农业部关于在南海海域实行伏季休渔制度的通知(1999年3月5日农渔发[1999]2号)
二、废止的规范性文件目录
1.农牧渔业部、财政部关于农牧渔业事业单位职工因公负伤致残评残抚恤问题的通知（1983年12月21日(83)农(人)字77号）
2.农业部转发《财政部关于全民所有制事业单位工作人员因公负伤致残抚恤问题的通知》的通知（1989年9月16日(1989)农(人)函字22号）
3.关于如何认定违法所得问题请示的复函（1999年7月16日农政函[1999]4号）
4.关于对种子、农药生产、经营中违法所得解释的函（1999年9月11日农农函[1999]6号）
5.关于山东省东营市河口区种子公司出售的种子是否为合格种子的问题的复函（2000年7月3日农办综函[2000]43号）
6.关于如何认定违法所得的批复（2000年9月27日农政函[2000]17号）
7.关于如何确定罚款幅度的复函（2000年9月27日农政函[2000]18号）
8.关于杂交糯玉米是主要农作物的复函（2001年1月31日农办政[2001]1号）
9.关于乡镇企业承包后新增的资产范围的答复（2001年7月3日农办政[2001]33号）
10.关于界定商品种子生产单位和个人的函（2001年7月10日农办农[2001]39号）
11.农业部关于印发《村级范围内筹资筹劳管理暂行规定》的通知（2000年7月6日农经发[2000]5号）
12.农业部关于发布全国农业植物检疫性有害生物分布资料的通知（2006年3月2日农农发[2006]2号）
13.农业部公告788号（新传入危险性有害生物黄瓜绿斑驳花叶病毒病确定为全国农业植物检疫性有害生物）（2006年12月21日发布）
14.农业部关于核发外商投资企业种子经营许可证有关问题的通知（2003年6月26日农办农[2003]35号）
15.农业部、林业部、化工部、卫生部、商业部、国务院环境保护领导小组颁布《农药登记规定》的通知（1982年4月10日[82]农业保字第10号）
16.农牧渔业部颁布《农药登记规定实施细则》的通知（1982年9月1日[82]农(农)字第72号）
17.农牧渔业部关于利用现有科研设施加强农药质量检测和残留分析工作的通知（1983年6月6日[83]农(计)字第82号）
18.农牧渔业部、化工部关于转发《国内农药登记工作会议纪要》的通知 （1983年11月10日[83]农(农)字第174号）
19．农牧渔业部关于加强农药质量检测和残留分析工作的补充通知（1984年6月16日[84]农(农)字第27号）
20.农牧渔业部关于转发《农药登记评审委员会第二次全体会议纪要》的通知（1984年7月8日[84]农(农)字第24号）
21.农业部关于降低国外农药田间药效试验费上交比例的通知（1985年2月12日[85]农(农)字第8号）
22.农牧渔业部、化工部关于发送《第二次国内农药登记工作会议纪要》的通知（1985年4月20日[85]农(农)字第18号）
23.农牧渔业部关于转发《农药登记评审委员会第三次全体会议纪要》的通知（1985年8月12日[85]农(农)字第40号）
24.农牧渔业部关于转发《第二届农药登记评审委员会第一次全体会议纪要》的通知（1986年7月25日[86]农（农）字第27号）
25.农牧渔业部关于转发《第二届农药登记评审委员会第二次全体会议纪要》的通知（1987年8月13日[87]农(农)函字第68号）
26.农牧渔业部关于转发《第二届农药登记评审委员会第三次全体会议纪要》的通知（1988年10月8日[88]农(农)函字第95号）
27.农牧渔业部关于转发《第三届农药登记评审委员会第一次全体会议纪要》的通知（1989年11月8日[89]农(农)函字第78号）
28.农牧渔业部关于转发《第三届农药登记评审委员会第二次全体会议纪要》的通知（1990年12月18日[90]农(农)函字第64号）
29.农业部关于转发《第三届农药登记评审委员会第三次全体会议纪要》的通知（1992年1月12日[1992]农(农)字第1号）
30.农业部关于贯彻《国务院办公厅关于加强农药、兽药管理的通知》的通知（1992年8月1日[1992]农(农)函字第5号）
31.农业部关于转发《第四届农药登记评审委员会第一次全体会议纪要》的通知（1992年11月20日[1992]农(农)函字第48号）
32.农业部、商业部关于加强卫生杀虫剂登记和销售管理的通知（1993年3月2日[1993]农(农)字第4号）
33.农业部关于转发《第四届农药登记评审委员会第二次全体会议纪要》的通知（1993年10月7日[1993]农(农)函字第44号）
34.农业部、国家工商行政管理局关于进一步加强肥料、农药、种子管理的通知（1995年3月20日农农发[1995]7号）
35.农业部、卫生部、国内贸易部、国家环境保护局、国家工商行政管理局关于严禁在蔬菜生产上使用高毒高残留农药，确保人民食菜安全的通知（1995年11月15日农农发[1995]24号）
36.农业部关于转发《第五届农药登记评审委员会第一次全体会议纪要》的通知（1996年2月8日农农函[1996]5号）
37.农业部关于进一步做好农药登记管理工作的通知（2000年5月20日农农发[2000]7号）
38.农业部、环境保护部、海关总署公告第1123号（加强1，2-二氯乙烷进出口监管）（2008年12月15日发布）
39.农业部关于发布全国农业植物检疫对象疫情分布资料的通知（1996年12月20日农农发[1996]179号）
40.果树种子苗木管理暂行办法（试行）（1990年2月6日农业部令第13号）
41.农牧渔业部、国家工商行政管理局关于加强城乡集贸市场畜禽及其肉类管理、检疫的通知（1987年5月21日农（牧）字[1987]第22号）
42.农牧渔业部关于印发《家畜家禽防疫条例》三个配套法规的通知（1988年3月2日农（牧）字[1988]第10号）
43.家畜家禽防疫条例实施细则（1992年4月8日农业部令第10号发布）
44.关于禽流感疫情监测、毒型鉴定和疫情处置的规定（1998年1月6日农业部令第41号）
45.农业部公告第202号（实施兽药GMP有关要求）(2002年6月14日发布)
46.农业部关于对日本海公海和北太平洋公海鱿鱼生产实行专项（特许）捕捞许可制度的通知(1994年3月25日农渔发[1994]3号发布，1997年12月25日农业部令第39号修订)
47.农业部关于加强渔业资源增殖放流工作的通知(2003年4月3日农渔发[2003]6号)
48.农业部关于转发《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录水生野生物种目录调整情况的通知（2005年1月17日农渔发[2005]3号）
三、宣布失效的规范性文件目录
1.农业部、财政部、共青团中央关于印发《关于开展跨世纪青年农民科技培训工程试点工作的意见》的通知（1999年5月12日农科教发[1999]8号）
2.农业部、共青团中央关于印发《跨世纪青年农民科技培训工程管理办法》的通知（2001年6月27日农科教发[2001]15号）
3.农业部、财政部关于组织实施新型农民科技培训工程的通知（2006年7月27日农科教发[2006]2号）
4.农业部公告第349号(进口农业转基因生物安全管理临时措施向正常管理过渡)（2004年2月20日发布）
5.农业部、公安部、国家发展和改革委员会、财政部、国家质量监督检验检疫总局、国家工商行政管理总局、国家环境保护总局、国家安全生产监督管理局、国家食品药品监督管理局、全国爱国卫生运动委员会、全国供销合作总社关于贯彻落实《国务院办公厅关于深入开展毒鼠强专项整治工作的通知》的通知（2003年7月23日农农发[2003]13号）
6.全国毒鼠强专项整治工作小组关于进一步加强毒鼠强专项整治工作的紧急通知（2003年9月27日农明字[2003]15号）
7.全国毒鼠强专项整治工作小组关于继续推进毒鼠强专项整治工作的紧急通知（2004年4月21日农明字[2004]43号）
8.农业部公告第379号（对农药临时登记进行清理）（2004年6月1日发布）
9.农业部办公厅关于进一步做好农药登记管理工作的通知（2005年9月21日农办农[2005]81号）
10.农业部关于农药临时登记超过有效期限清理产品申办延期的通知（2008年1月3日农农发[2008]1号）
11.农业部公告第1036号（四川等受灾地区农药企业可延期办理续展登记）（2008年5月28日发布）