第一，耐药性的产生和防止。对球虫病往往采用长时间、低浓度的化学药物进行预防。这样，球虫必然会像细菌那样，对某些药物产生耐药性，甚至出现交叉耐药现象。因此，目前出现越来越多的抗球虫药。如某种抗球虫药开始应用时有效，过一段时间后效果降低，势必要求寻找更替它的药物，这样几乎每两年就有一种新的抗球虫药出现。 球虫对各种抗球虫药所产生的耐药虫株有快慢的差别，其耐药性也随之有差异。据报道，球虫对喹啉类药物产生耐药虫株快，对氯羟吡啶较快，对磺胺类、呋喃类、氯苯胍等中速，而对氨丙啉、球痢灵等硝基酰胺类药物则慢，对尼卡巴嗪则更慢。
为了防止球虫产生耐药性，可以采用短时间内有计划地交替或轮换使用抗球虫药的办法，如有人建议：球痢灵、速丹、氯苯胍等交互使用。
第二，加强饲养管理，提高药物的防治效果。在使用抗球虫药的同时，必须加强和改善饲养管理，以提高禽体的抵抗力，减少球虫病的传染途径，从而提高抗球虫药的防治效果。
在应用抗球虫药的过程中，应保证供应雏禽富于维生素的饲料，因为有些抗球虫药(如磺胺类药)长期应用后，能抑制合成维生素B1和Ｋ的微生物，引起维生素B1和Ｋ缺乏，应加以补给，才能提高禽的抵抗力。但在使用某些抗球虫药(氨丙啉)时，由于它是硫胺的拮抗剂，必须减少维生素B1的含量。
根据球虫病多发生于15～20日龄之内的雏鸡，可将12日龄的雏鸡上架饲养，以减少球虫病的传染途径，从而降低发病率和药物的消耗。
第三，掌握药物的作用峰期。作用峰期是指抗球虫药适用于球虫发育的主要阶段。由于不同的药物抑制球虫生长阶段不同，其作用峰期也不相同，上述抗球虫药作用峰期见表。
了解和掌握药物作用峰期很重要，因为直接关系到能否合理选药和及时用药。对作用峰期是在感染后第
一、二天的抗球虫药，其抗球虫作用一般较弱，故常作预防药应用，如喹啉类、氯羟吡啶、莫能菌素等药物；作用峰期是在感染后第四天的抗球虫药，一般作用较强，故常作治疗药应用，如磺胺类、呋喃类、尼卡巴嗪等药物。
为了防止耐药性产生而采用短时期内交替使用药时，也必须掌握其作用峰期。因为先用抑制第一代裂殖体的药物，再换用抑制第二代裂殖体发育的药物，就能减少耐药虫株的产生。
作用于球虫发育不同阶段的药物，对机体免疫性也具有一定的影响。例如：抑制卵囊初期的药物，如喹啉类、氯羟吡啶、莫能菌素等，会影响机体的免疫性；然而，有些药物主要抑制第二代裂殖体发育，对机体的免疫性却影响不大，如磺胺类、尼卡巴嗪等。对于影响免疫力的药物，使用时应防止因突然停药而引起球虫爆发的现象。
第四，预防残留的重要性。由于抗球药一般用药时间较长，因此必然出现药品在肉蛋中的残留现象。肉、蛋被人食用后，则会直接危害****健康。因此，预防残留是使用抗球虫药中必须引起高度重视的问题。根据各种抗球虫药的特点和通过药物代谢动力学测定的数据，规定用药后应间隔多长时间，待残留药物排泄至安全量时，其肉、蛋方可食用
