一个地区、一个畜禽养殖场可能发生的传染病不止一种，因此，养殖场往往需用多种疫苗（菌苗）来预防不同的疫病。预防这些传染病的疫（菌）苗的性质各不相同，免疫期长短不一。所以，为了达到理想的免疫效果，需要根据各方面情况制定科学、合理的免疫程序。
制定免疫程序，应考虑以下因素：1、当地疫病的流行情况及严重程度；2、母源抗体的水平；3、上一次免疫接种引起的残余抗体水平；4、家畜的免疫应答能力；5、疫苗的种类和性质；6、免疫接种方法和途径；7、各种疫苗的配合；8、对动物健康及生产能力的影响。这些因素互相联系、互相制约，必须统筹考虑。
免疫种畜所产仔畜在一定时间内其体内有母源抗体存在，对建立自主免疫有一定影响，因此，对幼龄家畜免疫接种往往不能获得满意效果。以猪瘟为例，母猪于配种前后接种猪瘟疫苗者，所产仔猪由于从初乳中获得母源抗体，在20日龄以前对猪瘟具有坚强免疫力，30日龄以后母源抗体急剧衰减，至40日龄以后几乎完全丧失。哺乳仔猪如在20日龄左右首次免疫接种猪瘟弱毒疫苗，则至65日龄左右应进行第二次免疫接种，这是目前国内认为较合适的猪瘟免疫程序。
