肇源县坚持“综合利用”的原则，采取“集中规划、突出重点、标本兼治、生态种养、综合利用”等措施，通过多种方式和养殖模式，对畜禽养殖污染物进行生态化处理或制作成有机肥进行资源再利用，实现养殖污染的“资源化、减量化、无害化”，降低治污成本，增加养殖户收入，彻底根治畜禽粪便及废水污染，实现环境和经济的“双赢”，主要采取了以下几项措施：
一、雨污分离。即对畜禽养殖场进行必要的排水工程改建，使雨水和污水分流，减少治污量。
二、干湿分开。即把干粪和尿液分开，分别处理。
三、饮污分离。即采用自动饮水器，减少畜禽饮水时的浪费，少用、不用冲冼水，以降低治理成本。
四、沼气处理。即建设沼气池配套前后处理设施，处理养殖废水。
五、种养结合。即在畜禽养殖场周围都要有一批固定对口的农田、菜园或果园，以吸纳养殖场排放出的干粪及有机肥。
六、农田循环。即养殖场经处理后排放出的污水，不得直接排入河道，要通过农田循环。
