畜禽养殖场产生的畜禽粪便应设置专门的储存设施，其恶臭及污染物排放须符合《畜禽养殖业污染物排放标准》。
畜禽养殖场设置专门的储存设施的位置，必须远离各类功能地表水体（距离不得小于400米），并应设在养殖场生产及生活管理区的常年主导风向的下风向或侧风向处。
畜禽养殖场设置专门的储存设施应采取有效的防渗处理工艺，防止畜禽粪便污染地下水。
对于种养结合的养殖场，畜禽粪便储存设施的总容积不得低于当地农林作物生产用肥的最大间隔时间内本养殖场所产生粪便的总量。
畜禽养殖场设置专门的储存设施应采取设置顶盖等防止降雨（水）进入的措施。
畜禽粪便必须经过无害化处理，并且须符合《粪便无害化卫生标准》后，才能进行土地利用。畜禽养殖场的粪便必须通过堆积发酵、沼气发酵。固体粪肥的堆制可采用高温好氧发酵或其他适用技术和方法，以杀死其中的病原菌和蛔虫卵，缩短堆制时间，实现粪便无害化。高温好氧堆制法分自然堆制发酵法和机械强化发酵法，可根据本场的具体情况选用。畜禽粪便还田时，不能超过当地的最大农田负荷量，避免造成面源污染和地下水污染。
经过处理的粪便作为土地的肥料或土壤调节剂来满足作物生长的需要，其用量不能超过作物当年生长所需养分的需求量。
在确定粪肥的最佳使用量时需要对土壤肥力和粪肥肥效进行测试评价，并应符合当地环境容量的要求。对高降雨区、坡地及沙质容易产生径流和渗透性较强的土壤，不适宜施用粪肥或粪肥使用量过高易使粪肥流失引起地表水或地下水污染时，应禁止或暂停使用粪肥。
对没有充足土地消纳利用粪肥的大中型畜禽养殖场和养殖小区，应建立集中处理畜禽粪便的有机肥厂或处理（置）机制。
