在科技部863计划的支持下，以提高基因工程疫苗的免疫能力和安全性为目标，在畜禽基因工程疫苗和免疫佐剂技术体系建设方面取得了重要进展。
在克隆抗原或疫苗研制用相关基因的基础上，构建了高效表达的稳定载体，建立并完善了基因工程疫苗安全性评价体系和规模化生产工艺。成功研制出鸡传染性法氏囊病（IBD）二价基因工程疫苗、4种DNA疫苗（如猪繁殖与呼吸综合征核酸疫苗）、轮状病毒基因工程乳酸菌疫苗、鸡传染性鼻炎疫苗；建立并完善了猪伪狂犬病病毒闽A株SA215三基因缺失疫苗生产工艺，完成猪伪狂犬病基因缺失活疫苗SA215新兽药证书的全套研究数据，申报了国家新兽药证书。完成了伪狂犬病毒TK-/gG-双基因缺失弱毒苗、伪狂犬病毒TK-/gE-/gI-基因缺失弱毒疫苗和伪狂犬病毒gG-基因缺失油乳剂灭活疫苗申报新药证书所需的材料与数据，伪狂犬病毒TK-/gG-双基因缺失弱毒苗获得了国家新兽药证书。构建了带分子标记的高产重组禽流感疫苗株rH5N3，rH5N3禽流感疫苗，对鸡和鸭等水禽的H5N1亚型高致病性禽流感具有100的保护作用，克服了目前使用的禽流感疫苗抗原性差、对水禽免疫效果不确实的缺点。通过试验研究，DNA疫苗的攻毒保护率达到90以上，轮状病毒基因工程乳酸菌疫苗的免疫期1年以上，免疫保护率80以上。
同时，禽新型高效免疫佐剂的研究与开发也取得重大进展，将对提高动物疫苗的免疫效果发挥重要作用。
制备了CpG、IL-6、IL-15分子免疫佐剂，建立了具有免疫刺激活性、富含不同长度、不同基序重组质粒的技术平台，大规模生产的重组质粒可以提高禽流感灭活疫苗抗体水平2-4倍；建立了富含CpG重组质粒的基因工程菌150升改进的碱裂解法大规模提取、纯化工艺，获得了高纯度的重组质粒。细胞因子基因和球虫抗原基因的克隆与表达也获得了突破，克隆了鸡白介素IL-15、IL-17、IL-18和淋巴细胞趋化因子基因。