对养殖户来讲，如何选择适合自己猪场的疫苗才是关键。 大华农研发中心斐仉福认为，最好先进行 PRRSV检测(病原和抗体检测)，经检测可以将猪场分为蓝耳病病毒变异株的阴性猪场和阳性猪场，而后根据情况决定使用何种疫苗。
几乎所有专家一致提出，对非疫区的阴性猪场不建议使用活苗，否则相当于人工攻毒。不过，在疫区中的阴性猪场，防疫压力很大，要么封闭饲养，要么接种活苗，让猪只存在一定的抗体水平。对阳性猪场，均建议接种活疫苗。
但是，不管是死苗还是活苗，历史的经验告诉养猪户，都存在风险，尤其是2006年发生猪“高热病”以后，接种疫苗导致死猪的现象相对普遍。不管死猪是否跟疫苗质量有关，从结果来看，死猪就不是养猪户愿意看到的，哪怕不接种疫苗猪最后也是死。姜平认为，这是疫苗效果评价指标难以确立。
更学术的解释有两个方面。
一、免疫空白期。无论死苗还是活苗，接种疫苗后，猪只不是马上产生抗体，而是有一段时间，在这段时间遭受病毒感染，很可能就“中招”。死苗的免疫空白期长一些，至少21 天，甚至28天；活苗当中最快产生抗体的也需要7天。
第二方面是蓝耳病病毒抗体依赖型增强效应 (ADE)，这是指病毒在一定抗体存在下可介导和加强感染，意思是说，蓝耳病病毒抗体可使该病毒复制速度加快，起码比没有抗体压力时要快。李建丽认为，疫苗免疫时，必须确保猪群的抗体水平达到一定阈值才能起到保护作用，否则，ADE会加速蓝耳病发病和致死率，这也可能是免疫失败的原因之一。但这个阈值是多少，如何控制，业界没有更加精准的说法。
