一、病原：小肠球虫、魏氏梭菌、呼肠孤病毒等。
二、病因分析
一传染性因素：主要是指病毒、细菌、寄生虫。
1、病毒感染 病毒的感染如呼肠弧病毒、腺病毒、细小病毒、冠状、轮状病毒都可以成为肠道肠毒综合症发生诱因，这些病毒引起肠道炎症，损害肠道的吸收功能，感染后肉仔鸡典型症状发育不良，生长停滞及腹泻等。
2、细菌感染 常见的一些致病菌，如沙门氏菌、产气夹膜梭菌、坏死性肠炎魏氏梭菌、大肠杆菌、厌氧菌芽（胞厌氧菌＜梭状芽胞杆菌属各菌＞无芽胞厌氧菌引发的禽病）也是引起肉鸡肠道肠毒综合症的原因，这些菌通过刺激肠道粘膜，使肠蠕动加快加强，消化液排出增多，饲料通过消化道的时间缩短，导致下痢、腹泻、饲料消化不良。
3、寄生虫（主要指小肠、盲肠球虫）的感染 寄生虫也是引起肠道肠毒综合症的重要原因之一，肉鸡群在25～40日龄（个别报道15天，最早4～5天发生），这可能跟消毒不严格不彻底有关，其诱发病的机理大约为：a、球虫在肠粘膜上大量生长繁殖，导致肠壁粘膜增厚，严重脱落出血等病变，几乎使饲料不能消化吸收，同时对水分的吸收也明显减少，尽管肉鸡大量饮水，但因吸收不好，也会引起脱水现象。这是引起肉鸡粪便变稀、粪中带有未消化饲料的原因之一；b、球虫在肠粘膜细胞里快速繁殖、耗氧量大，导致小肠粘膜组织产生大量乳酸，使肉鸡肠道PH值严重下降，由于肠道PH值的降低，肠道有益菌锐减，有害菌大量繁殖，球虫与有害菌相互协同、狼狈为奸，导致致病性加强，肠道内容物PH值的下降会使各种消化酶的消化能力下降，饲料消化不良。PH值的下降会刺激肠粘膜，使肠蠕动加快加强，胆囊分泌的胆汁迅速从肠道排出，与未消化的饲料混合在一起，形成综合征的特征性粪便－－略带浅黄色的粪便。由于球虫的有害菌大量快速生长繁殖，导致消化不良、肠道吸收障碍，电解质的吸收减少，使电解质大量丢失，大量的肠粘膜细胞迅速被破坏，出现生理消化障碍，特别是钾离子的大量消失，会导致心脏的兴奋性过度增强，加速本病死亡率。
二非致病性因素
1、各类毒素的影响外来的毒素可能存在于饲料中、饮水中、饲料原料中，如黄曲霉素及其它曲霉素、单宁和自体产生的毒素，如大肠杆菌内毒素、魏氏梭菌毒素等，这些毒素是由于肠上皮细胞被破坏，在腐败菌及其它有害菌的作用下，发生腐败分解以及虫体的死亡、崩解后释放出大量的有害物质，这些有害物质被机体吸收后发生自体中毒，从而在临床上出现兴奋后昏迷衰竭死亡的情况。
2、饲料中维生素、能量和蛋白质高低对肉鸡的影响，饲料中营养越丰富，发病率越高，症状也越严重，因为大量的能量、蛋白质和部分维生素促进病毒、细菌、寄生虫的大量繁殖加重症状。
3、各类应激因素的影响环境卫生应激因素如温度高低不稳、饲养密度大、湿度太高太低；饲料应激，如突然更换饲料等，长途运输、噪音过大、免疫时抓拿等，这些可造成肉鸡的生理机能改变，特别是造成胃肠粘膜损伤，粘膜上皮、细胞变性、坏死，从而影响抗体对钙磷、维生素及其它营养物质的吸收。
三、主要症状：
1、初期仅见个别鸡粪便变形，变稀，内含没有消化的饲料。
2、随后大部分鸡开始腹泻或水泻，出现该病的典型粪便症状：
（1）粪便内含未消化的玉米粒或豆粕糁，俗称料粪。
（2）出现浅红色或西红柿样粪便，易扯丝有弹性.
（3）浅黄绿色稀粪
3、出现以上粪便2---3天后鸡群采食量下降，导致增重缓慢或发育不良，鸡群消瘦贫血。
4、病鸡出现尖叫、疯跑、跳跃、瘫痪、昏迷等神经症状。
5、常与猝死症并发。
四、主要病变：
1、初期，十二指肠、空肠等小肠壁粘膜增厚，颜色变浅呈灰白色，像一层麸皮，易剥离，肠内容物少或为未消化的饲料。
2、中后期肠壁变薄，粘膜脱落，肠内容物呈蛋清样、粘脓样严重时肠粘膜完全脱落崩解，肠壁菲薄，内容物呈血脓样或柿子样。
3、肠道外观肿粗，有充盈感，浆膜面有针尖大或小米粒大的黄白色结节。
4、肝、脾有时有细小坏死灶。
5、死亡鸡一般发育良好，体肥。
五、防治措施：
一预防措施
1、定期用孤独球败或球净进行球虫病的预防工作，尤其是小肠球虫不能麻痹大意。
2、强化消毒意识，加强消毒等管理工作，减少球虫病的发生。
3、提供科学合理的饲料营养，避免营养缺乏。
4、饲料中长期加入多又大（蛋禽）或速壮1号（肉禽），既可提高饲料转化率，促进生长，又可改善肠道菌群平衡。
二治疗措施
治疗原则：杀灭病原，修复破损肠粘膜，补充营养不足。
方案一：肠得乐配合AAA维他命饮水，先计算全天用药量，集中一次饮水，连用4天；
肠毒清或舒立康拌料，先计算全天用药量，集中一次饮水，连用4天。
本方案适用于肠毒综合症的一般感染。
方案二：肠舒配合AAA维他命饮水，先计算全天用药量，集中一次饮水，连用4天；
舒立康或清瘟败毒散拌料，先计算全天用药量，集中一次饮水，连用4天。
本方案适用于肠毒综合症继发坏死性肠炎的病例。
方案三：浆立清或杆菌必克配合AAA维他命饮水，先计算全天用药量，集中一次饮水，连用4天；
舒立康或清瘟败毒散配合九二0（微量元素预混剂）拌料，先计算全天用药量，集中一次饮水，连用4天。
注意：1、在治疗的同时，建议每天用威力精碘和枪手对鸡群和环境进行一次消毒。2、本病为恶性疾病、如果不及时治疗会造成很大的损失，所以在用药的同时配合健康伴侣使用可净化水质、增强药物的疗效达到事半功倍的效果。