球虫虫株的种类、数量以及寄生部位虫株不同，其致病力也不同，感染数量未达到一定程度，其个体不表现出球虫症状。对中等毒力的虫株而言，感染数量过多时，所产生新的卵囊数却相应减少，称为“相挤效应”，不同虫株有其特定寄生部位，如果寄生部位发生改变其致病力会下降乃至消失。
与其他病原关系
组织损伤和肠道功能的变化可造成各种有害细菌的入侵和繁殖，在鸡体内大肠杆菌和球虫之间有相互作用。鸡群如受到马立克氏病病毒的感染后，对球虫病的免疫力受到干扰容易引发球虫病；传染性法氏囊病可加剧球虫病，而球虫病会大大加剧传染性法氏囊病的危害作用；球虫病和呼肠孤病毒同时存在时，鸡发生跗关节疾病的比例比单独发生呼肠孤病毒时大大提高；球虫病和黄曲霉毒素同时存在时，死亡率可高达60%。研究表明，球虫与其他肠道细菌具有协同作用，肠道细菌会起到增强球虫致病力的作用；球虫感染后可使机体对马立克氏病、传染性法氏囊病的易感性增强。
当前流行特点
发病率高，发病日龄广
近几年来球虫病的发病率也越来越高，低日龄肉鸡发病的现象也越来越常见，最早的可见8日龄鸡只发病，而产蛋鸡小肠球虫在一些地区也很流行。
